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申请/专利权人:广州达安基因股份有限公司
摘要:本发明属于生物技术领域,其公开了一种RNA和DNA二代测序文库的构建方法及二代测序盒,该二代测序文库的构建方法包括步骤:对RNA核酸和DNA核酸进行一链合成,得到一链cDNA;对述一链cDNA进行二链合成,得到二链cDNA;对二链cDNA片段化、末端修复、磷酸化及加A处理后得到加A产物;将加A产物进行接头连接和第一次纯化处理,得到目标RNA片段和DNA片段并回收;对目标RNA片段和DNA片段进行PCR扩增反应,以构建并得到所述RNA和DNA二代测序文库。该方法构建二代测序文库,采用整体建库流程,工艺步骤简化,极大缩减了操作流程和实验时间,可最大程度减少核酸样本的损耗,同时,无需构建两种文库,可大大节约人力、试剂、时间等成本。
主权项:1.一种RNA和DNA二代测序文库的构建方法,其特征在于,包括如下步骤:S1、对RNA核酸和DNA核酸进行一链合成,得到一链cDNA;S2、对所述一链cDNA进行二链合成,得到二链cDNA;所述二链合成的具体步骤包括:将所述一链cDNA与反应物D、酶混合液E进行二链合成反应,得到所述二链cDNA;其中,反应液D包括Tris-HCl、MgCl2、KCl、DTT、NAD+、BSA、dATP、dGTP、dCTP及dTTP;所述酶混合液E包括DNAPolymeraseI、E.coliDNALigase及RNaseH;其中,所述二链合成反应条件为:反应温度为16℃、反应时间为30-60min;S3、通过一步反应,实现对所述二链cDNA片段化、末端修复、磷酸化及加A处理后得到加A产物;所述一步反应包括如下步骤:将所述二链cDNA与反应液F和酶混合液G进行混合反应,得到所述加A产物;其中,所述反应液F包括Tris-HCl、MgCl2、NaCl、DTT、TritonX-100、ATP、dATP、dGTP、dCTP及dTTP;所述酶混合液G为Vvnendonucleasemutan、T7endonucleasemutant和TaqDNApolymerase的混合液;其中,一步反应条件为:反应温度为37℃、反应时间为10-30min;接着,反应温度为65℃、反应时间为20-30min;S4、将所述加A产物进行接头连接和第一次纯化处理,得到目标RNA片段和DNA片段并回收;S5、以回收的所述目标RNA片段和DNA片段作为模板进行PCR扩增反应,以富集所述目标RNA片段和DNA片段,构建并得到所述RNA和DNA二代测序文库;所述PCR扩增反应包括步骤:将所述目标RNA片段和DNA片段与反应液K和反应液L进行混合反应,得到RNA和DNA的二代测序文库;其中,所述反应液K包括5*Q5buffer、dATP、dGTP、dCTP、dTTP及Q5热启动超保真DNA聚合酶;所述反应液L为Illumina文库扩增引物或MGISEQ文库制备引物;步骤S1中,一链合成还包括如下步骤:S11、将RNA与RandomPrimers于65℃进行结合处理5min,得到RNA结合产物;S12、将所述RNA结合产物与反应液A、酶B和酶C进行混合反应,得到所述一链cDNA;其中,反应液A包括Tris-HCl、MgCl2、KCl、DTT、dATP、dGTP、dCTP及dTTP;所述酶B为M-MMLV酶;所述酶C为Rnasin酶;其中,一链合成反应条件为:首先,反应温度为25℃、反应时间5-15min;接着,反应温度为42℃、反应时间为10-20min;然后,反应温度为70℃、反应时间为10-30min;步骤S4中,所述接头连接包括如下步骤:将所述加A产物与反应液H、反应液I和酶J进行混合反应,得到RNA片段和DNA片段;其中,所述反应液H包括Tris-HCl、MgCl2、DTT、ATP及PEG8000中;所述反应液I为接头X为Illumina接头或MGISEQ接头Ad153;所述酶J为T4DNAligase连接酶;接头反应条件为:反应温度为20℃、反应时间为30min;步骤S4中,所述第一次纯化处理包括如下步骤:S41、将所述RNA片段和DNA片段、80μL磁珠装入离心管中,并颠倒或旋涡振荡离心管,使RNA片段和DNA片段与磁珠充分混匀;S42、采用EP吸管反复吹打RNA片段和DNA片段,使其与磁珠充分混匀,将离心管置于磁力架上室温静置;S43、待离心管中的溶液澄清后,去除上清液;S44、往离心管中加入200μL新鲜配制的80vv%乙醇漂洗磁珠;S45、重复步骤S42至S44;S46、将离心管离心处理后,再把离心管置于磁力架上,彻底去除离心管中的上清液;S47、将离心管中的样品取出来,加入22μL去核酸酶超纯水,用移液器轻轻吸打混匀,室温静置2min后置于磁力架上,待溶液澄清后,得到所述目标RNA片段和DNA片段。
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