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一种基于深度迁移学习的癌症药物响应预测方法 

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申请/专利权人:哈尔滨工业大学

摘要:本发明提出了一种基于深度迁移学习的癌症药物响应预测方法,属于癌症诊断技术领域。首先根据细胞系和单细胞的基因表达谱,筛选出响应细胞与不响应细胞之间的差异基因,降低深度学习模型的输入特征的规模;接着使用自编码器作为特征提取器,进一步学习细胞系和单细胞表达矩阵的低维表示;然后构建细胞系与单细胞的异构图,利用多头图注意力网络进行样本间的语义传播,更好地实现迁移学习;最后使用多层感知机作为预测器,输出细胞的药物响应预测结果;本发明可以应用于癌症诊断、治疗和个体化药物治疗等领域,为临床上选择更有效的治疗方案提供参考。

主权项:1.一种基于深度迁移学习的癌症药物响应预测方法,其特征在于:所述方法具体包括以下步骤:步骤1,进行基因筛选;根据细胞系和单细胞的基因表达谱,筛选出响应细胞与不响应细胞之间的差异基因;步骤2,对步骤1筛选后的基因进行特征提取;使用自编码器作为特征提取器,学习细胞系和单细胞表达矩阵的低维表示;步骤3,在步骤2低维特征的基础上,构建细胞系与单细胞的异构图,利用多头图注意力网络进行样本间的语义传播;步骤4,经过步骤2的特征提取和步骤3的语义传播后,使用多层感知机作为预测器,输出细胞的药物响应预测结果;步骤5,在步骤2、3、4的基础上设计多个不同层次的域鉴别器,在不同层次上对齐细胞系与单细胞的特征分布;步骤6,利用细胞系的真实标签和单细胞的伪标签,通过对齐同类细胞的质心来监督整个模型的更新;步骤7,完成步骤1至步骤6的训练后,输入新单细胞数据,进行药物响应预测。

全文数据:

权利要求:

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