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申请/专利权人：佰合拓微(天津)生物科技有限公司;北京赛默百合生物科技有限公司

摘要：本发明公开了一种多倍体基因组组装过程中亚基因组的鉴定方法，通过改型的动态规划算法串联任意Query和SubjectHSP得到最优结果，其核心创新点为将Subject的HSP的坐标替换成映射到Query上的坐标，使得能够最大似然的排除Subject重排事件对HSP串联Chain分析结果的影响，本发明涉及基因组组装技术领域。该多倍体基因组组装过程中亚基因组的鉴定方法，自比对消除法中，仅仅使用1vs1比对结果在分析过程中会有逻辑漏洞无法识别“搭桥”事件。由于本发明使用的改型动态规划算法能够忽略Subject中重排对于HSP串联Chain的影响。使得本发明可以使用改成任意两个与Query相似的Subjects做任意串联形成新的Subject识别可能存在的“搭桥”事件。

主权项：1.一种多倍体基因组组装过程中亚基因组的鉴定方法，其特征在于：具体包括以下步骤：S1、获取任意Contig的比对结果，针对任意一条Query，获取其与任意目标Subject的比对坐标矩阵；S2、矩阵特征在于其一维坐标为Contig的比对坐标，另一个维度的坐标系为Subject映射到Query上的坐标；S3、对于任意一个单元格i,j,scorei,j＝max{scorem,n+match_scorei,j-gap_penalty{m,n}i,j}，其中i＝0,j＝0,m＝i,n＝j；S4、对整体矩阵进行扫描，寻找打分最高的值，并使用动态规划算法计算最高值的路径涉及的碱基坐标的加和X；S5、计算X与Query的比值，如果大于设定的阈值，则将Query标记为Subject的同源序列，予以去除；S6、对于任意一个Contig集合S，以上步骤S1-S5算法把Contig拆分为两个集合，S去除和S保留；S7、针对自比对消除法出现的逻辑漏洞，从S保留中操作任意一个C，查询之前的动态规划结果，寻找与C具有最高坐标加和的被S保留包含的头两个ContigsCx和Cy，将Cx和Cy序列串联起来得到序列Cconnect，将Cconnect与C进行比对，而后对二者进行步骤S1-S6，并更新S保留；S8、遍历S保留直到结束。

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