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摘要：本发明公开了一种基于GPU加速的碱基识别任务的实现方法和系统，涉及生物信息学领域，用以在兼容国产DCU的情况下，显著提升碱基识别任务的识别效率。本发明在碱基识别时，利用显存指针指示整个碱基识别过程中所固定使用的显存空间，避免频繁申请和释放显存所引起的时延，并在显存中配置预定格式的工作张量；在每个时间步的运算中，利用工作张量将每个当前时间步的输入张量和前一时间步的输出张量进行连续存储；将权重矩阵对照所述工作张量的格式进行拼接，并在每个时间步下与工作张量执行矩阵乘运算，这样可以减少在每个时间步的矩阵乘次数，更加充分地发挥硬件平台的矩阵乘性能，提升计算效率。
主权项：1.一种基于GPU加速的碱基识别任务的实现方法，该方法利用碱基识别模型对由测序仪获取的电流信号序列进行碱基识别；所述碱基识别模型包括编码器和解码器；其特征在于，在碱基识别过程中：利用显存指针指示整个碱基识别过程中所固定使用的显存空间，并在显存中配置预定格式的工作张量；在每个时间步的运算中，利用所述工作张量将每个当前时间步的输入张量和前一时间步的输出张量进行连续存储；将权重矩阵对照所述工作张量的格式进行拼接，并在每个时间步下与工作张量执行矩阵乘运算。
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百度查询： 中科计算技术西部研究院 一种基于GPU加速的碱基识别任务的实现方法和系统
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