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一种检测人EGFR基因多突变位点的数字PCR试剂盒 

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摘要:本发明公开了一种检测人EGFR基因多突变位点的数字PCR试剂盒,属于基因检测技术领域,用于人类EGFR基因19del、T790M和L858R多重突变的数字PCR检测,通过数字PCR平台的方法将多重突变检测集中在一张芯片上进行,能精确方便地实现对19del、T790M和L858R各缺失型进行四‑五通道的高灵敏度检测,灵敏度可达0.1%,能够降低成本,减少样本的消耗,提高检测准确度和灵敏度,降低假阳性,尤其对于样本比较稀缺的ctDNA,也方便肿瘤组织等其他样本类型的检测,为非小细胞肺癌的患者提供一定的用药指导。

主权项:1.一种检测人EGFR基因多突变位点的数字PCR试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括:10×dPCRBuffer、dPCR酶、EGFR基因检测体系、阳性对照品、阴性对照品、数字PCR芯片、数字PCR用油相A和数字PCR用油相B;所述EGFR基因检测体系包括检测Ex19Del突变的引物、突变探针、通用探针和新型荧光猝灭探针,Ex19del突变的具体基因型为E746-A750del1、E746-A750del2、L747-p753S、E746_S752V和L747_T751del;L858R突变检测的引物、突变探针和通用探针;T790M突变检测的引物、突变探针和通用探针;L858R突变检测的引物如下序列所示:上游引物SEQIDNO:1:AGCATGTCAAGATCACAGATTT;上游引物SEQIDNO:2:cgcagcatgtcaagatcacagat;上游引物SEQIDNO:3:gaaaacaccgcagcatgtcaag;下游引物SEQIDNO:4:CCTCCTTCTGCATGGTATTC;下游引物SEQIDNO:5:TTTGCCTCCTTCTGCATGGT;下游引物SEQIDNO:6:ACTTTGCCTCCTTCTGCATG;探针如下序列所示:突变探针SEQIDNO:7:5’荧光标记-TGGCCCGCCCAAA-3’猝灭基团;突变探针SEQIDNO:8:5’荧光标记-TGGCCCGCCCAA-3’猝灭基团;突变探针SEQIDNO:9:5’荧光标记-TGGGCGGGCCAAA-3’猝灭基团;突变探针SEQIDNO:10:5’荧光标记-TGGGCGGGCCA-3’猝灭基团;通用探针SEQIDNO:11:5’荧光标记-TGGGTGCGGAAGAGAAAG-3’猝灭基团;通用探针SEQIDNO:12:5’荧光标记-TGCTGGGTGCGGAAGAG-3’猝灭基团;通用探针SEQIDNO:13:5’荧光标记-GTGCGGAAGAGAAAGAATACC-3’猝灭基团;检测Ex19del突变的引物序列如下所示:上游引物SEQIDNO:14:AGTTAAAATTCCCGTCGCT;上游引物SEQIDNO:15:TTAAAATTCCCGTCGCTAT;上游引物SEQIDNO:16:ATCCCAGAAGGTGAGAAAGTT;下游引物SEQIDNO:17:GCCTGAGGTTCAGAGCCAT;下游引物SEQIDNO:18:CAAAGCAGAAACTCACATCG;下游引物SEQIDNO:19:GAGAAAAGGTGGGCCTGAG;检测探针序列如下所示:突变探针del1SEQIDNO:20:5’荧光标记-TCGGAGATGTTTTGATAGCGACG-3’猝灭基团;突变探针del1SEQIDNO:21:5’荧光标记-ttcggagatgttttgatagcgac-3’猝灭基团;突变探针del1SEQIDNO:22:5’荧光标记-ctttcggagatgttttgatagcg-3’猝灭基团;突变探针del2SEQIDNO:23:5’荧光标记-CGGAGATGTCTTGATAGCGACG-3’猝灭基团;突变探针del2SEQIDNO:24:5’荧光标记-ttcggagatgtcttgatagcgac-3’猝灭基团;突变探针del2SEQIDNO:25:5’荧光标记-gctttcggagatgtcttgatagcg-3’猝灭基团;突变探针del3SEQIDNO:26:5’荧光标记-TGGCTTTCGGAACCTTGATAGC-3’猝灭基团;突变探针del3SEQIDNO:27:5’荧光标记-gctttcggaAccttgatagcgac-3’猝灭基团;突变探针del3SEQIDNO:28:5’荧光标记-ctttcggaAccttgatagcgacgg-3’猝灭基团;突变探针del4SEQIDNO:29:5’荧光标记-TGGCTTTCGATTCCTTGATAGCG-3’猝灭基团;突变探针del4SEQIDNO:30:5’荧光标记-TTGGCTTTCGATTCCTTGATAGC-3’猝灭基团;突变探针del4SEQIDNO:31:5’荧光标记-ggctttcgattccttgatagcgac-3’猝灭基团;突变探针del5SEQIDNO:32:5’荧光标记-TGGCTTTCGGAGATTCCTTGATAG-3’猝灭基团;突变探针del5SEQIDNO:33:5’荧光标记-ctttcggagattccttgatagcga-3’猝灭基团;突变探针del5SEQIDNO:34:5’荧光标记-CGGAGATTCCTTGATAGCGACG-3’猝灭基团;通用探针SEQIDNO:35:5’荧光标记-AGCCAACAAGGAA-3’猝灭基团;通用探针SEQIDNO:36:5’荧光标记-CGAAAGCCAACAAGGAAATCCTCG-3’猝灭基团;通用探针SEQIDNO:37:5’荧光标记-AGCCAACAAGGAAATCCTCG-3’猝灭基团;新型荧光猝灭探针SEQIDNO:38:GCTATCAA;新型荧光猝灭探针SEQIDNO:39:ACATCTCCG;新型荧光猝灭探针SEQIDNO:40:CGAAAGCCA;T790M突变检测的引物序列如下所示:上游引物SEQIDNO:41:TCTGCCTCACCTCCAC;上游引物SEQIDNO:42:ATCTGCCTCACCTCCAC;上游引物SEQIDNO:43:ATCTGCCTCACCTCCA;下游引物SEQIDNO:44:TTGTGTTCCCGGACATAG;下游引物SEQIDNO:45:TTTGTGTTCCCGGACATAG;下游引物SEQIDNO:46:TTTGTGTTCCCGGACATA;检测探针序列如下所示:突变探针SEQIDNO:47:5’荧光标记-CAGCTGCATGATGA-3’猝灭基团;突变探针SEQIDNO:48:5’荧光标记-AGCTGCATGATGAT-3’猝灭基团;突变探针SEQIDNO:49:5’荧光标记-AGCTGCATGATG-3’猝灭基团;突变探针SEQIDNO:50:5’荧光标记-AGCTGCATGATGA-3’猝灭基团;通用探针SEQIDNO:51:5’荧光标记-AAGCTGCGTGATGA-3’猝灭基团;通用探针SEQIDNO:52:5’荧光标记-GCTGCGTGATGA-3’猝灭基团;通用探针SEQIDNO:53:5’荧光标记-AGCTGCGTGATGA-3’猝灭基团;所述数字PCR用油相A包括含氢量0.1%-0.8%的含氢硅油、0.01%-0.5%TritonX-100;所述数字PCR用油相B包括端乙烯基硅油、0.1%的铂催化剂、0.15%的EM90。

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