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摘要:本发明涉及生物信息技术领域,公开了一种基因组去污染方法。该方法获取目标类群的基因组组装序列,对基因组组装序列进行矫正获得基因组矫正序列,对基因组矫正序列进行拼接,获得基因组拼接序列;将基因组拼接序列与核苷酸序列数据库进行比对、去污染,获得一次去污染基因组序列;将一次去污染基因组序列与细胞器序列数据库进行比对、去污染,获得二次去污染基因组序列;将二次去污染基因组序列与蛋白质序列数据库进行比对、去污染,获得三次去污染基因组序列;对三次去污染基因组序列进行验证,获得目标基因组序列。本发明提供的基因组去污染方法成本低,效果好,极大的提升了基因组组装的质量。
主权项:1.一种基因组去污染方法,其特征在于,包括:获取目标类群的基因组组装序列,对所述基因组组装序列进行矫正获得基因组矫正序列,对所述基因组矫正序列进行拼接,获得基因组拼接序列;将所述基因组拼接序列与核苷酸序列数据库进行比对、去污染,获得一次去污染基因组序列;将所述一次去污染基因组序列与细胞器序列数据库进行比对、去污染,获得二次去污染基因组序列;将所述二次去污染基因组序列与蛋白质序列数据库进行比对、去污染,获得三次去污染基因组序列;对所述三次去污染基因组序列进行验证,获得目标基因组序列。
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百度查询: 深圳市仙湖植物园(深圳市园林研究中心) 基因组去污染方法
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