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龙图腾网恭喜浙江大学申请的专利一种基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN118086518B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-05-06发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202410208743.1，技术领域涉及：C12Q1/6888；该发明授权一种基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法是由逯慧杰;亓胜春;李丹;俞萍锋;柴文波;汪培良设计研发完成，并于2024-02-26向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法在说明书摘要公布了：本发明公开了一种基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法，属于宏基因组分析方法领域。可基于环境样品DNA的二代或三代宏基因组测序结果，结合毒力基因比对，精确识别病原菌，并进一步对其进行定量。该方法针对的是土壤、水体等环境样品中赋存广泛但丰度较低的人畜共患病原菌，目前基于物种比对的病原菌识别与定量方法存在准确性低等问题。本发明为高通量识别和定量环境样品中的人畜共患病原菌提供了一种方法，在环境病原菌风险评价与防控方面具有较高应用价值。

本发明授权一种基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法在权利要求书中公布了：1.一种基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法，其特征在于，具体步骤如下：S1：提取目标环境样品的总DNA，并进行二代或三代宏基因组测序，对测序数据进行质控和过滤，得到干净读段；S2：采用物种识别工具对步骤S1中的干净读段进行物种识别，得到第一物种集合；所述第一物种集合中每条微生物物种信息包括物种分类编号、物种名称和读段数；采用宏基因组组装软件对步骤S1中的干净读段进行拼接后，形成重叠群文件；再将重叠群文件重新输入物种识别工具进行物种识别，得到第二物种集合；所述第二物种集合中每条微生物物种信息包括重叠群编号、物种分类编号、物种名称和读段数；S3：基于物种分类编号和物种名称，对第一物种集合和第二物种集合进行匹配，由同时存在于第一物种集合和第二物种集合中的微生物物种组成第三物种集合；所述第三物种集合中每条微生物物种信息包括重叠群编号、物种分类编号、物种名称和读段数；S4：采用毒力基因比对识别工具，对步骤S2中获得的重叠群文件中的所有重叠群进行毒力基因识别，从而得到毒力基因集合；所述毒力基因集合中的每条毒力基因信息包括毒力基因名称及其对应的重叠群编号；S5：基于重叠群编号，将步骤S3中获得的第三物种集合和步骤S4得到的毒力基因集合进行匹配，筛选出第三物种集合中存在毒力基因的物种，统计其总读段数和所含毒力基因数目，并计算比值R；若该物种含有核心毒力基因集合中的核心毒力基因，且比值R大于等于阈值，则判断为病原菌； S6：病原菌相对丰度通过该病原菌总读段数占样本总读段数的比例得到；R的阈值为3.64E-06，其为113种、4140株典型环境病原菌R值的最小值；若R大于等于3.64E-06，且物种含有核心毒力基因，则判断为病原菌；所述核心毒力基因集合的确定方法如下：将病原菌毒力因子数据库VFDB中的毒力因子和非病原菌蛋白数据库的蛋白质，使用BLAST基于RBH的方法进行氨基酸序列比对；某个毒力因子在非病原菌中具有一种或多种直系同源蛋白，则该毒力因子被鉴定为一种既存在于病原菌也存在于非病原菌中的非特异性毒力因子；若某个毒力因子仅存在于病原菌中，则为病原菌特异性毒力因子；若某类毒力因子中特异性毒力因子占比高于非特异性毒力因子，则将该类毒力因子的所有毒力基因判断为核心毒力基因，所有核心毒力基因组成核心毒力基因集合。

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