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龙图腾网恭喜上海交通大学申请的专利一种药物分子与靶标蛋白的结合亲和力预测方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN113936735B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-05-06发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202111291440.3，技术领域涉及：G16B15/30；该发明授权一种药物分子与靶标蛋白的结合亲和力预测方法是由靳远;杨旸设计研发完成，并于2021-11-02向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种药物分子与靶标蛋白的结合亲和力预测方法在说明书摘要公布了：本发明涉及一种药物分子与靶标蛋白的结合亲和力预测方法，包括：获取药物分子的SMILES序列和靶标蛋白的氨基酸序列；对于药物分子SMILES序列，将其表示为基于原子的药物原子结构图和基于子结构的药物子结构结构图；分别对药物原子结构图和药物子结构结构图进行表征学习，从而获得药物原子结构图的特征嵌入表示和药物子结构结构图的特征嵌入表示；获取氨基酸序列的特征嵌入表示；将药物分子和氨基酸的特征嵌入表示拼接，得到拼接嵌入特征表示；基于拼接嵌入表示，获得药物分子与靶标蛋白的结合亲和力预测值。上述方案，能够自适应的学习药物分子和靶标蛋白的序列和结构信息，优化药物分子与靶标蛋白的结合亲和力预测结果。

本发明授权一种药物分子与靶标蛋白的结合亲和力预测方法在权利要求书中公布了：1.一种药物分子与靶标蛋白的结合亲和力预测方法，其特征在于，包括以下步骤：获取药物分子的SMILES序列和靶标蛋白的氨基酸序列；对于药物分子SMILES序列，将其表示为基于原子的药物原子结构图和基于子结构的药物子结构结构图；本步骤包括：基于所述的药物分子SMILES序列，构建基于原子的药物原子结构图；基于所述的药物分子SMILES序列，划分药物子结构，构建基于子结构的药物子结构结构图；分别对药物原子结构图和药物子结构结构图进行表征学习，从而获得药物原子结构图的特征嵌入表示和药物子结构结构图的特征嵌入表示；对于氨基酸序列，利用自然语言处理中的语言模型对氨基酸的特征嵌入表示进行预训练，再对其进行特征提取，从而获得氨基酸序列的特征嵌入表示；将药物分子和氨基酸的特征嵌入表示拼接，得到拼接嵌入特征表示；基于拼接嵌入表示，获得药物分子与靶标蛋白的结合亲和力预测值；基于药物分子SMILES序列，划分药物子结构，构建基于子结构的药物子结构结构图，包括以下步骤：得到所述的药物分子的药物原子结构图；为所述的药物原子结构图中的原子节点编号；初始化药物子结构集合C为空集；构建集合V1为所有化学键的集合；构建集合V2为所有简单环的集合；如果V1中的化学键不属于任何一个简单环，将其加入药物子结构集合C中；循环遍历V2中的所有环，将V2中大于等于3个公共原子的环合并为新的环，直到V2中所有的环都不存在三个或者三个以上的公共原子为止；将V2中所有环添加到药物子结构集合C中；形成最终的药物子结构集合C；基于药物分子的子结构集合，构建基于子结构的药物子结构结构图。

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