浙江洛兮医学检验实验室有限公司李姗珊获国家专利权
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龙图腾网获悉浙江洛兮医学检验实验室有限公司申请的专利一种鉴别测序数据污染的评估方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN118675617B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-05-30发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202410683447.7,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权一种鉴别测序数据污染的评估方法是由李姗珊;鲍乾设计研发完成,并于2024-05-29向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种鉴别测序数据污染的评估方法在说明书摘要公布了:本发明涉及测序数据处理技术领域,公开了一种鉴别测序数据污染的评估方法,包括以下步骤:步骤1:获取同批次样本的测序数据和阴控测序数据并质控,生成微生物序列数据集;步骤2:对每个样本的微生物序列数据集进行物种比对,获取序列比对参数;步骤3:根据序列比对参数对每个样本进行序列真实性判断,获取物种比对参数;步骤4:确定疑似污染物种、疑似污染源列表与被污染列表;步骤5:根据疑似污染源列表,利用污染概率模型计算疑似污染物种在样本中污染可能性,确定污染概率。本发明可以从物种注释真实性和样本内交叉污染两个方面进行综合评估样本的污染情况,并使用污染概率模型计算样本污染可能性,为后续的病原识别提供数据支持。
本发明授权一种鉴别测序数据污染的评估方法在权利要求书中公布了:1.一种鉴别测序数据污染的评估方法,其特征在于,包括:步骤1:获取同批次样本的测序数据和阴控测序数据并进行质控,生成每个样本的微生物序列数据集;步骤2:对步骤1所述每个样本的微生物序列数据集进行物种比对,获取序列比对参数kmer占比和Unique占比;步骤3:根据步骤2所述物种的序列比对参数对每个样本进行序列真实性判断,确定假阳性比对结果并获取每个样本的真实物种序列集合及其物种比对参数,所述物种比对参数包括:基因组覆盖度、相对丰度、序列数和标准序列数;所述真实性判断分为假阳性物种判断和假阳性序列判断,其中假阳性物种判断规则为:若检出物种的kmer占比或Unique占比小于50%,则认为该物种为假阳性物种;假阳性序列判断规则为:单条序列的kmer占比小于60%,则认为该条序列为假阳性序列;步骤4:对步骤3所述真实物种序列集合进行疑似污染物种、疑似污染源列表与被污染列表确定;所述疑似污染物种、疑似污染源列表与被污染列表确定步骤如下:步骤401:计算每个样本的物种比对参数,包括序列数、标准序列数、相对丰度和基因组覆盖度;步骤402:统计每个样本在同一批次下物种的检出频率;步骤403:若物种在同批次样本和阴控样本中均检出,且该物种不属于环境中广泛存在的物种,则判定该物种为疑似污染物种;步骤404:若物种检出的数量大于同批次样本数量的一半,则判定该物种为疑似污染物种;步骤405:根据筛选的疑似污染物种,选择该物种中相对丰度最高的样本作为疑似污染源,并把该物种的相对丰度作为标准,若该物种的相对丰度与其他样本中该物种的相对丰度比值3,则将其他样本纳入被污染列表;若该物种的相对丰度与其他样本中该物种的相对丰度比值≤3,则认为该样本为疑似污染列表;步骤5:根据步骤4所述疑似污染源列表,计算疑似污染物种在疑似污染源列表和被污染源列表中的基因相似度,并利用污染概率模型计算被疑似污染源列表中每个样本污染的可能性,确定污染概率。
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