恭喜浙江高美基因科技有限公司任巧玲获国家专利权
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龙图腾网恭喜浙江高美基因科技有限公司申请的专利基于DNA甲基化相关系数的互作DNA片段识别方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119560014B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-06-03发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510097184.6,技术领域涉及:G16B20/30;该发明授权基于DNA甲基化相关系数的互作DNA片段识别方法是由任巧玲;程一航;张斌;孙德强设计研发完成,并于2025-01-22向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于DNA甲基化相关系数的互作DNA片段识别方法在说明书摘要公布了:本发明涉及一种基于DNA甲基化相关系数的互作DNA片段识别方法,本发明基于两个相互作用DNA片段的甲基化率存在高相关来识别相互作用的DNA片段,只需要利用DNA甲基化测序数据,就能识别到所有实验样本中可能存在相互作用关系的DNA片段,其相互作用途径包含空间折叠、DNA环化、转录因子结合、RNA干扰等,弥补了Hi‑C只能识别染色质空间结构、Chip‑seq只能测与特定转录因子结合的DNA片段的技术短板,节约了实验与计算成本。
本发明授权基于DNA甲基化相关系数的互作DNA片段识别方法在权利要求书中公布了:1.一种基于DNA甲基化相关系数的互作DNA片段识别方法,包括:步骤1.对多个DNA片段样本分别进行DNA甲基化测序获得多个bed样本文件;步骤2.将多个bed样本文件按照共有的CpG位点进行整合,整合成一个bed样本文件;步骤3.从步骤2整合后的bed样本文件中,计算每一个CpG位点与其他CpG位点的甲基化率的皮尔逊相关系数;并预设皮尔逊相关系数阈值rthre,DNA片段中相邻CpG位点之间的最大距离和DNA片段中需要包含的最少CpG位点数;其中,皮尔逊相关系数阈值rthre通过指定t-test的显著性水平alpha,再根据DNA片段样本的数目n计算,计算公式为: ; ; ;式中,ft为t分布的概率密度函数,基于t分布的概率密度函数ft求解使t分布的累积概率为时的临界t值,然后基于计算相关系数阈值rthre;步骤4.设定筛选条件,根据筛选条件判断所有DNA片段之间是否存在相互作用关系,其中,筛选条件为:DNA片段中所有CpG位点与其他DNA片段中所有CpG位点之间的皮尔逊相关系数绝对值≥rthre;DNA片段中相邻的CpG位点之间的距离≤;DNA片段中包含的CpG位点数≥;满足上述筛选条件的DNA片段之间存在相互作用关系,并整合所有存在相互作用关系的DNA片段得到一组互作bed文件。
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