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用于对熔解曲线进行聚类以识别基因型的方法 

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申请/专利权人:豪夫迈·罗氏有限公司

摘要:本公开描述了用于对熔解曲线进行基因型分型的自动化方法。对熔解曲线进行处理并且基于经处理的矩阵来编译差值矩阵。将所述差值矩阵用于编译聚类矩阵,并且对所述聚类矩阵进行过滤以确定用于对所述熔解曲线进行基因型分型的聚类。

主权项:1.一种用于对包括在温度范围内的荧光测量结果的多条熔解曲线进行基因型分型的自动化方法,所述方法包括:通过计算所述多条熔解曲线中的每一条在所述温度范围内的负一阶导数来生成多条经处理的熔解曲线;基于所述经处理的熔解曲线,通过针对所述经处理的熔解曲线中的每一条计算在所述温度范围内的给定的经处理的熔解曲线与其他经处理的熔解曲线中的每一条之间的绝对差值之和来编译第一差值矩阵;基于所述第一差值矩阵,通过针对所述第一差值矩阵的每一列对在所述温度范围内的每个行向量求和来编译第二差值矩阵;基于所述第二差值矩阵来编译初始聚类矩阵,其中所述初始聚类矩阵中的每一行识别初始聚类的集中的初始聚类;将所述初始聚类矩阵过滤成包括经过滤的初始聚类的集的经过滤的初始聚类矩阵,其中所述经处理的熔解曲线中的每一条被分配给单个经过滤的初始聚类;计算所述经过滤的初始聚类矩阵中的每个经过滤的初始聚类中的峰的数量和每个峰的平均熔解温度;将具有相同数量的峰和在指定的温度阈值内的平均熔解温度的经过滤的初始聚类相组合以编译最终聚类矩阵;以及基于所述最终聚类矩阵来识别所述多条熔解曲线中的每一条的基因型。

全文数据:

权利要求:

百度查询: 豪夫迈·罗氏有限公司 用于对熔解曲线进行聚类以识别基因型的方法

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