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基于自监督学习的小肠肿瘤CT图像自动分割方法 

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申请/专利权人:青岛科技大学

摘要:本发明涉及一种基于自监督学习的小肠肿瘤CT图像自动分割方法,属于小肠肿瘤的精确分割技术领域。本发明包括如下步骤:S1:提出小肠肿瘤CT图像数据集扩充任务,包括如下小步:S11:建立以UNet3+为生成网络的扩散模型;S12:建立CP‑UNet3+网络结构;S13:引入CBAM注意力机制模块;S14:引入金字塔池化模块;S2:提出小肠肿瘤CT图像的自动分割任务,包括如下小步:S21:建立BT‑DARCE‑UNet网络结构;S22:建立预训练网络结构;S23:引入DARB多尺度特征提取模块;S24:引入组合损失函数;S3:建立小肠肿瘤CT图像数据集进行模型评估,包括如下小步:S31:评估指标的选用;S32:评估模型有效性的验证;S33:评估微调数据量有效性的验证。本发明能有效分割小肠肿瘤病灶区域,同时设计的多尺度特征提取模块也能在一定程度上提高分割精度,可用于小肠肿瘤的精确分割场合。

主权项:1.一种基于自监督学习的小肠肿瘤CT图像自动分割方法,其特征在于,包括如下步骤:S1:提出小肠肿瘤CT图像数据集扩充任务,包括如下小步:S11:建立以UNet3+为生成网络的扩散模型:使用UNet3+作为扩散模型的生成网络,通过引入全尺度跳跃连接,实现了多层次的特征提取,使得模型能够捕获图像中不同尺度、不同级别的特征信息,有利于去除图像中的噪声;通过引入密集的上采样连接,更好地恢复图像的细节信息,帮助模型还原图像的清晰度和真实感;S12:建立CP-UNet3+网络结构:以UNet3+网络作为基本框架,在跳跃连接的过程中引入了CBAMConvolutionalBlockAttentionModule注意力机制和金字塔池化模块PyramidPoolingModule,PPM,这有利于模型对输入图像的通道信息以及空间位置信息进行捕捉,有效地融合了全局信息和细节信息;取消了UNet3+结构中深度监督机制,减少模型计算量和参数量;S13:引入CBAM注意力机制模块:在UNet3+跳跃连接过程中引入CBAM注意力机制,可以动态地学习通道和空间注意力权重,弥补了通道注意力机制的不足,并将其应用于输入特征图,从而提高模型的性能;S14:引入金字塔池化模块:在金字塔池化模块中引入自适应池化层和分组卷积,取代原有的池化层和卷积模块,可以更好地让模型提取到图像不同尺度的信息,降低了目标区域之间的尺寸相差较大给模型带来的负面影响;S2:提出小肠肿瘤CT图像的自动分割任务,包括如下小步:S21:建立BT-DARCE-UNet网络结构:采用自监督学习BarlowTwins结构与U-Net网络相结合的方法,在预训练和微调的过程中,引入多尺度特征提取模块DARBDepthwiseSeparableConvolutionandASPPResiualBlock和CBAM、EPSAEfficientPyramidSqueezeAttention注意力机制;S22:建立预训练网络结构:通过基于特征去相关的BarlowTwins自监督对比学习方法进行预训练,并引入CBAM注意力机制,学习大量未标注数据的复杂特征;为更好地学习数据低维特征,去除冗余信息,引入由全局平均池化、全连接层、LeakyReLU激活函数和批量归一化层组成的投影层结构;S23:引入DARB多尺度特征提取模块:引入深度可分离卷积,减少需要学习的参数量,并提升卷积核参数的使用效率;引入ASPPAtrousSpatialPyramidPooling模块,用于更好地捕获多尺度的上下文信息;引入残差结构,以实现梯度信息的长距离传播,尽可能保留原始输入信息的完整性;S24:引入组合损失函数:通过引入二元交叉熵损失LBCE和Dice系数损失LDice并进行合理地设计,提高图像分割精度,改进的组合损失函数定义如式3所示; 式中:y表示小肠肿瘤CT图像的真实标签;py表示小肠肿瘤CT图像的预测结果;N表示总像素数;S3:建立小肠肿瘤CT图像数据集进行模型评估,包括如下小步:S31:评价指标的选用:选取DICE系数、准确率、Jaccard相似系数、豪斯多夫距离和平均一致距离五种指标,其中:Dice系数:用于衡量分割结果与真实肿瘤区域之间的相似程度; 准确率Accuracy,ACC:预测分割结果中正确预测的像素数量占总像素数量的比例; Jaccard相似系数Jaccard:比较肿瘤预测结果与真实标签之间的差异性和相似性; 豪斯多夫距离Hausdorffdistance,HD:度量分割结果与真实肿瘤区域之间的最大差异; 平均一致性距离Meandistancetoagreement,MDA:衡量分割结果中每个像素与真实肿瘤区域之间的平均距离;MDAL,P=meanl∈L,p∈P||l-p||8式中:TP表示正确预测为肿瘤的像素数量;TN表示正确预测为非肿瘤的像素数量;FP表示错误预测为肿瘤的像素数量;FN表示错误预测为非肿瘤的像素数量;PL、PP分别表示真实肿瘤区域和预测肿瘤区域;L、P分别表示真实标签与预测结果的肿瘤区域集合;S32:评估模型有效性的验证:将BT-DARCE-UNet与全监督学习模型U-Net、TransUNet以及自监督学习模型BYOL-UNet使用小肠肿瘤CT图像数据集进行对比验证,其中全监督学习模型使用全部标注数据进行训练,自监督学习模型使用使用全部未标注数据进行预训练和30%标注数据量进行微调,BT-DARCE-UNet模型获得最优的分割效果,在Dice、ACC、HD和MDA方面明显高于其他模型,Jaccard系数同样取得较好的结果;S33:评估微调数据量有效性的验证:使用不同微调数据量进行对比实验,为实际应用中的数据标注策略提供有力依据,在使用30%的微调数据量时,在Dice、ACC、Jaccard、HD和MDA均得到良好的效果,能够较好地实现在标注数据有限的前提下,利用大量未标注数据完成小肠肿瘤精确分割的目的。

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