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申请/专利权人：广州序科码生物技术有限责任公司;南方医科大学
摘要：本发明提供了一种基于单细胞测序数据捕获唯一片段序列的方法，其特征在于，包括以下步骤：基于单细胞测序文库中的DNA片段，以DNA片段上前10bp‑20bp碱基作为识别序列，对含有相同所述识别序列的DNA片段进行归类，通过计算机软件将同类型的DNA片段生成一个数据集，从该数据集获得用于分析单细胞全基因组唯一序列。本发明使用生物信息学手段进行数据识别，使得在基因组建库过程中无需设计和通过实验插入含有UMI的固有接头序列，简化了单细胞测序过程，并缩短了时间和降低因接头序列过长所导致的引物二聚体形成的发生概率。本方法在测序数据分析之前即可去除重复的序列，对于拷贝数变异分析而言，无其它相同的序列混杂，只剩下唯一的序列片段，即可更忠实的反应基因组的情况。
主权项：1.一种基于单细胞测序数据捕获唯一片段序列的方法，其特征在于，包括以下步骤：基于单细胞测序文库中的DNA片段，以DNA片段上前10bp-20bp碱基作为识别序列，对含有相同所述识别序列的DNA片段进行归类，通过计算机软件将同类型的DNA片段生成一个数据集，从该数据集获得用于分析单细胞全基因组唯一序列；所述识别序列通过使用计算机程序获得，将编写的代码输入即可获得识别序列；所述计算机程序包括python程序或R语言程序；所述python程序的过程如下：首先输入文件，取从DNA片段一端测序得到的序列，每8行取一次，提取序列的前20个字符作为序列标签；遍历序列，将序列标签及其对应的索引存储在索引列表中；如果序列标签已经存在，则将当前索引追加到序列标签对应的列表中；如果序列标签不存在，则创建一个新的列表，将当前索引存储其中；遍历序列标签，将唯一的序列写入输出文件；如果当前序列的索引是索引列表首次出现的索引，则将序列的所有8行数据写入输出文件；如果当前序列的索引不是首次出现的索引，则跳过，最后输出文件。
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权利要求：
百度查询： 广州序科码生物技术有限责任公司 南方医科大学 一种基于单细胞测序数据唯一片段序列捕获方法
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