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申请/专利权人：上海交通大学医学院附属瑞金医院;上海市内分泌代谢病研究所;深圳华大生命科学研究院

摘要：本发明公开了基于肠道微生物特征的鱼油降脂疗效预测模型及其构建方法，包括：获取T2D合并HTG患者的鱼油干预治疗病历数据，采集粪便样本和外周血样本；提取粪便样本中肠道微生物DNA，采用鸟枪法宏基因组测序获得肠道微生物基因组数据，经统计分析获取与患者鱼油干预治疗相关的微生物特征参数；检测患者干预前后TG数据估算TG响应组和无响应组之间的肠道微生物变量差异；构建肠道微生物基线变量的预测模型，采用重复迭代特征法获取最佳AUC值，提取对TG响应分组贡献最大的肠道微生物特征和最佳的随机森林模型TG响应概率阈值。本发明基于肠道微生物特征构建的预测模型可有效判别鱼油对T2D合并HTG患者降脂疗效高低。

主权项：1.基于肠道微生物特征的鱼油降脂疗效预测模型的构建方法，包括以下步骤：S1、获取患者的鱼油干预治疗病历数据，同时采集其基线和若干随访点的粪便样本和外周血样本；S2、提取所述粪便样本中肠道微生物DNA，采用鸟枪法宏基因组测序，获得人体肠道微生物宏基因组数据，对其进行预处理和统计分析，获取与患者鱼油干预治疗相关的微生物特征参数；S3、检测所述患者基线和若干随访点的TG数据，将患者分为TG响应组和无响应组；S4、基于步骤S2所述与患者鱼油干预治疗相关的特征参数和步骤S3所述TG数据，使用逻辑回归模型估计基线和若干随访点时所述TG响应组和无响应组之间的肠道微生物变量差异，包括肠道微生物种类和肠道微生物功能通路；S5、使用随机森林模型构建肠道微生物基线变量的预测模型，采用重复迭代特征获取最佳AUC值，并提取对所述TG响应分组贡献最大的肠道微生物特征和最佳的随机森林模型TG响应概率阈值；S6、所述肠道微生物特征纳入线性回归模型，评估所述肠道微生物基线变量的预测TG变化值与实际TG变化值之间的关系。

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