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申请/专利权人：深圳华大生命科学研究院

摘要：一种艰难梭菌耐药低敏感进化分支SNP标记及菌株类别鉴定方法和应用，其中艰难梭菌是Clostridiumdifficileclade1，SNP标记选自本发明中表1‑3中任一SNP标记或它们的任意组合。本发明不仅仅鉴定耐药低敏感标记，而且可以鉴定整个耐药低敏感进化分支，快速准确鉴定耐多种治疗药物和相关药物的艰难梭菌的进化分支，不但可以有效指导临床用药，还为耐药低敏感病原菌进化溯源提供依据。

主权项：1.一种非诊断治疗目的的艰难梭菌菌株类别鉴定方法，其特征在于，对待测菌株进行全基因组测序并与参考基因组进行比对，首先，分析该待测菌株如表1所述的各SNP标记的碱基情况，当待测菌株符合表1所示的clade1的SNP标记中的多个时，所述待测菌株即属于Clostridiumdifficileclade1；其次，当待测菌株属于Clostridiumdifficileclade1时，再分析所述待测菌株如表2所述的各SNP标记的碱基情况，将所述待测菌株区分为类别1、类别2或类别3、4、5这3类情况的其中一种，其中，当所述待测菌株满足表2中至少一个仅属于类别2或类别3、4、5的独有的碱基时，则所述待测菌株为类别2或类别3、4、5，如不满足表2中至少一个仅属于类别2或类别3、4、5的独有的碱基但满足多个属于类别1的SNP标记的碱基情况，则所述待测菌株为类别1；再者，当待测菌株属于类别3、4、5时，分析所述待测菌株如表3所述的各SNP标记的碱基情况，将所述待测菌株区分为类别3、类别4或类别5，其中，当所述待测菌株满足表3中至少一个仅属于类别4或类别5的独有的碱基时，则所述待测菌株为类别4或类别5，如不满足表3中至少一个仅属于类别4或类别5的独有的碱基但满足多个属于类别3的SNP标记的碱基情况，则所述待测菌株为类别3；其中，表1、表2、表3分别为：表1clade1的274株目标菌株的17个分支特异性SNP标记 其中，目标菌株表示对莫西沙星、甲硝唑和万古霉素具有特征性耐药低敏感率的clade1菌株，其他菌株表示目标菌株以外的clade1菌株；所述参考基因组为ClostridiumdifficileCD196，编号为：NC_013315.1；表2区分类别1、2和类别3、4、5的56个SNP标记 其中，类别1-5表示所述目标菌株按照所述特征性耐药低敏感率差异区分的五个类别的clade1菌株；所述类别特异性为该类的碱基比例最大的主导碱基与其他类的主导碱基不同；表3区分类别3、4、5的11个SNP标记 所述clade1及其类别1、2、3、4、5分别对应表4所述的耐药低敏感率；表4274株目标菌株5个类别的耐药低敏感率差异

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