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申请/专利权人：浙江大学长三角智慧绿洲创新中心

摘要：本发明公开了一种基于脑组织空间转录组图谱的可视化方法，涉及空间转录组信息展示领域，其技术方案要点是获取脑组织，确定脑组织的脑区分布并切片；通过激光捕获显微切割技术和空间条形码技术进行细胞转录组测序，并构建数据库，所述数据库包括通过空间转录组图谱呈现的基因信息、脑区信息、标记基因信息、通路富集信息、基因表达谱信息和切片信息；构建与数据库链接的检索页面，通过检索页面以基因、脑区和切片中的任意一种为检索条目进行对数据库的检索，便于研究人员从多个角度快速检索到所需的数据。通过空间转录组图谱，数据库返回的检索结果得以通过3D可视化的形式进行展示。

主权项：1.基于脑组织空间转录组图谱的可视化方法，其特征在于：包括如下步骤：S1、获取完整的脑组织，对脑组织进行切片并记录切片信息；S2、通过激光捕获显微切割技术对多个脑组织切片进行样本采集，基于空间条形码技术对每个样本进行转录组测序，基于测序结果构建脑组织的基因表达谱和空间转录组图谱；S3、使用limma软件对S2的基因表达谱进行差异表达分析，确定出每个基因在不同脑区间的差异显著表征值，给定显著性阈值A，将差异显著表征值小于A的基因认定为标记基因；S4、基于S2和S3的结果，将标记基因作为输入，进行通路富集分析确定出标记基因在脑组织中的通路富集情况，作为通路富集信息；S5、构建数据库，所述数据库包括通过空间转录组图谱呈现的基因信息、脑区信息、标记基因信息、通路富集信息、基因表达谱信息和切片信息；数据库中，每个脑组织切片均对应一个与标准脑图谱配准的参考图；S6、构建与数据库链接的检索页面，通过检索页面以基因、脑区和切片中的任意一种为检索条目进行对数据库的检索；以基因为检索条目，则数据库返回的检索结果包括是否为标记基因和基因表达谱，如果该基因为标记基因则数据库返回的检索结果还包括相应的通路富集信息；以脑区为检索条目，则数据库返回的检索结果包括脑区对应的基因表达谱、空间转录组图谱、标记基因、切片及通路富集信息；以切片为检索条目，则数据库返回的检索结果包括切片对应的与标准脑图谱配准的参考图、标记基因、基因表达谱、空间转录组图谱及脑区；其中，S2中空间转录组图谱的制作步骤为：以每两片相邻的脑组织切片作为一组切片，将所有脑组织切片分为多组切片，以组为单位进行测序，单组切片的测序步骤为：对一片脑组织切片进行bulk转录组测序，获得bulk转录组测序结果；使用激光捕获显微切割技术对同组的另一片脑组织切片进行样本采集，使用空间条形码技术对采集的样本进行空间转录组测序，使用bulk转录组测序数据与空间转录组测序数据进行单细胞解卷积分析，将分析结果进行空间分布展示形成空间转录组图谱。

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