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摘要:本发明公开了一种基于GPU并行加速的超分辨SIM‑FRET图像重构方法,包括步骤:利用采集卡采集FRET原始图像并存储;进行程序初始化;获取FRET单通道原始图像异步传输到GPU全局内存;通过GPU对FRET单通道原始图像组进行并行图像预处理;归一化分离图像通过CPU与GPU的异构计算进行迭代互相关参数估计,估计出照明光向量的调制强度和初始相位;GPU并行SR‑SIM线性维纳重建;获取超分辨FRET三通道图像;通过GPU对FRET三通道超分辨图像进行基于通道敏化强度测量法E‑FRET数据处理。本发明通过改进适合GPU加速的并行算法结构,对无法完全并行化的迭代互相关参数估计算法采用CPU与GPU进行异构计算,改进了生物图像的GPU直方图统计算法,提高了超分辨SIM‑FRET图像重构的时间分辨率。
主权项:1.一种基于GPU并行加速的超分辨SIM-FRET图像重构方法,其特征在于,包括以下步骤:S101、利用采集卡以单张图像为单位采集经过结构光调制的FRET原始图像并存储;S102、进行程序初始化,包括CPU端程序申请内存以及GPU端CUDA环境初始化;S103、获取FRET单通道原始图像异步传输到GPU全局内存;其中,FRET单通道为供体激发供体发射通道DD、供体激发受体发射通道DA以及受体激发受体发射通道AA,这三种通道其中一种;S104、通过GPU对FRET单通道原始图像组进行并行图像预处理;对FRET单通道原始图像先进行二维傅里叶变换,再按照相位差分离得到分离图像,并对分离图像进行归一化处理,得到归一化分离图像;S105、归一化分离图像通过CPU与GPU的异构计算进行迭代互相关参数估计,估计出照明光向量的调制强度和初始相位;S106、GPU并行SR-SIM线性维纳重建;GPU根据估计出的初始相位进行并行分解FRET单通道频谱得到分解图像,然后GPU根据估计的照明光向量对分解图像进行频率移动得到频率移动图像,且并行生成对应频率移动的光学传递函数,GPU再根据得到的结果进行线性维纳滤波计算,得到FRET单通道超分辨图像;S107、若完成FRET三通道超分辨图像重构,则进入步骤S108,否则,循环重复步骤S103-S106;S108、获取超分辨FRET三通道图像;S109、通过GPU对FRET三通道超分辨图像进行基于通道敏化强度测量法E-FRET数据处理。
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百度查询: 华南师范大学 一种基于GPU并行加速的超分辨SIM-FRET图像重构方法
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