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摘要：本发明公开了基于全表观组关联分析的植物表观元件挖掘方法及其在植物分子育种中的应用，其中方法通过关联DNA甲基化与数量性状，挖掘不同甲基化自然变异对表型的影响。该方法包括以下步骤：1采集种质资源群体材料的表型数据；2采集种质资源群体材料的基因组DNA，用于构建重亚硫酸盐文库并测序以获取群体DNA甲基组数据；3利用滑动窗口法将基因组分成固定长度的窗口，并根据甲基化水平对窗口分型；4使用混合线性模型对窗口的分型与表型数据进行关联分析，确定与表型显著相关的窗口。上述方法可以挖掘负责群体表型变异的表观遗传位点或元件，为植物分子育种提供表观等位基因资源。
主权项：1.基于全表观组关联分析的植物表观元件挖掘方法，其特征在于，包括：步骤一：采集生长预设时间的不同水稻品种的根的样品，提取每个所述样品的基因组DNA；测量所述样品对应的水稻群体的表型数据；步骤二：使用所述基因组DNA构建重亚硫酸盐文库，进行全基因组重亚硫酸盐测序，得到不同水稻品种的单碱基分辨率的DNA甲基组数据；步骤三：使用滑动窗口法将水稻基因组拆分为多个窗口，基于DNA甲基组数据计算每个窗口在各个品种中的甲基化水平；使用单尾二项检验对比品种特定序列背景的平均甲基化水平，得到p值；通过FDR对p值进行校正，得到FDR结果；步骤四：对获得的FDR结果对窗口进行分型，得到窗口类型；步骤五：使用混合线性模型对所述窗口类型与所述表型数据进行全基因组范围的关联分析，鉴定与表型显著相关的窗口；步骤六：使用所述混合线性模型将所述表型与SNP进行关联分析，鉴定显著关联的SNP，去除与显著关联的SNP连锁的epi-QTL，得到独立于显著SNP的表观数量性状位点。
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百度查询： 华南农业大学 基于全表观组关联分析的植物表观元件挖掘方法及其在植物分子育种中的应用
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