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摘要：本发明公开了一种基于双爬行并行的基因序列系统的发育树构建方法及装置，其中，所述方法包括：确定计算目标，并基于所述计算目标选取对应的基因序列；基于所述选取对应的基因序列进行基因序列的采集，获得基因序列数据；对所述基因序列数据进行预处理，获得预处理后的基因序列数据；基于SPR和NNI随机改变系统发育树的拓扑结构算法的结合并行机制对所述基因序列数据进行发育树构建处理，获得构建结果。在本发明实施例中，可以准确的预测该基因序列对应的物种在各个历史时期的种群数量，也可以得到该物种的繁殖能力，并可预测其未来的发展趋势。

主权项：1.一种基于双爬行并行的基因序列系统发育树构建方法，其特征在于，所述方法包括：确定计算目标，并基于所述计算目标选取对应的基因序列；基于所述选取对应的基因序列进行基因序列的采集，获得基因序列数据；对所述基因序列数据进行预处理，获得预处理后的基因序列数据；基于SPR和NNI随机改变系统发育树的拓扑结构算法结合并行机制对所述基因序列数据进行发育树构建处理，获得构建结果；所述基于SPR和NNI随机改变系统发育树的拓扑结构算法结合并行机制对所述基因序列数据进行发育树构建处理，包括：基于所述计算目标确定所需要的计算的目标参数；基于所述目标参数利用SPR和NNI随机改变系统发育树的拓扑结构算法的结合并行机制对所述基因序列数据进行发育树构建处理；所述基于所述目标参数利用SPR和NNI随机改变系统发育树拓扑结构算法的结合并行机制对所述基因序列数据进行发育树构建处理，包括：在根线程上，从根据经验给定的分布函数gx|θk-1内抽取一个参数集合；将所述参数集合从根线程上广播之其它的n个不同的线程；在根线程上，从树Tk-1的NNI邻居中不重复的随机抽取N颗树TiS，i＝1,2,…,N；在根线程上一次随机抽取N颗树TiS的一个SPR邻居树Ti*，i＝1,2,…,N；将SPR邻居树Ti*从根线程平均的传输至其它的n个不同的线程上；在每一个非根线程内对每一棵SPR邻居树Ti*滑动随机改变树的每一个节点的时间；在每一个非根线程上计算每一棵SPR邻居树Ti*的LTi*,θ*|D；选取使得LTi*,θ*|D最大的那一棵树T*max；在根线程上从一致分布U0,1抽取随机数r；在根线程上判断是否满足rmin1,LTk-1,θk-1|D如果满足则T←T*max，θ←θ*，否则Tk←Tk-1，θk←θk-1；其中，θ表示目标参数集合；θ*表示参数集合；θk-1和θk均表示历史目标参数集合；T表示要求得到的系统发育树。

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百度查询： 广东省智能制造研究所 基于双爬行并行的基因序列系统的发育树构建方法及装置