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一种鉴定屯昌猪品种的特异SNP位点组合及应用 

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摘要:本发明属于分子生物学鉴定领域,具体涉及一种鉴定屯昌猪品种的特异SNP位点组合及应用。所述的鉴定屯昌猪品种的特异SNP位点组合包含62个SNP位点,物理位置基于猪的参考基因组Sscrofa11.1进行序列对比而确定。该特异SNP位点组合基于全基因组关联分析结合选择信号分析的方法筛选,以保证位点选择的准确性。所选的特异SNP位点组合可在基因层面快速实现对屯昌猪品种的精准鉴定,在海南屯昌猪的遗传资源精准保护及品种利用方面具有显著的应用价值。

主权项:1.一种鉴定屯昌猪品种的特异SNP位点组合,其特征在于包含62个SNP位点,命名为SNP位点1-62,所述的62个SNP位点的物理位置基于猪的参考基因组Sscrofa11.1进行序列对比而确定,所述的62个SNP位点的位置及变异信息如下所示:SNP1位于1号染色体76530269bp处,其突变类型为GA;SNP2位于1号染色体76530641bp处,其突变类型为AG;SNP3位于1号染色体103689663bp处,其突变类型为AG;SNP4位于1号染色体103695747bp处,其突变类型为TC;SNP5位于1号染色体132219294bp处,其突变类型为TC;SNP6位于1号染色体132221789bp处,其突变类型为CT;SNP7位于1号染色体152270968bp处,其突变类型为TC;SNP8位于1号染色体152294579bp处,其突变类型为GT;SNP9位于1号染色体172260410bp处,其突变类型为GA;SNP10位于1号染色体172260954bp处,其突变类型为GA;SNP11位于1号染色体184586884bp处,其突变类型为GA;SNP12位于1号染色体184671184bp处,其突变类型为AC;SNP13位于1号染色体230688597bp处,其突变类型为TC;SNP14位于2号染色体72175633bp处,其突变类型为AG;SNP15位于2号染色体109815414bp处,其突变类型为AG;SNP16位于2号染色体143211293bp处,其突变类型为AG;SNP17位于2号染色体143220436bp处,其突变类型为TC;SNP18位于4号染色体1880826bp处,其突变类型为GT;SNP19位于4号染色体42245420bp处,其突变类型为TC;SNP20位于4号染色体53354488bp处,其突变类型为AT;SNP21位于4号染色体53390725bp处,其突变类型为TG;SNP22位于4号染色体73746508bp处,其突变类型为TA;SNP23位于4号染色体77277851bp处,其突变类型为AT;SNP24位于6号染色体284024bp处,其突变类型为CG;SNP25位于6号染色体331712bp处,其突变类型为AT;SNP26位于6号染色体336611bp处,其突变类型为TC;SNP27位于6号染色体342900bp处,其突变类型为CG;SNP28位于6号染色体348013bp处,其突变类型为TA;SNP29位于6号染色体354872bp处,其突变类型为AT;SNP30位于6号染色体366515bp处,其突变类型为CT;SNP31位于6号染色体367880bp处,其突变类型为AG;SNP32位于6号染色体382542bp处,其突变类型为TC;SNP33位于6号染色体386275bp处,其突变类型为TC;SNP34位于6号染色体389423bp处,其突变类型为AG;SNP35位于6号染色体401555bp处,其突变类型为TC;SNP36位于6号染色体402714bp处,其突变类型为AG;SNP37位于6号染色体34514268bp处,其突变类型为AG;SNP38位于6号染色体37934666bp处,其突变类型为GA;SNP39位于6号染色体38004132bp处,其突变类型为TC;SNP40位于6号染色体89493269bp处,其突变类型为TA;SNP41位于7号染色体118923976bp处,其突变类型为TG;SNP42位于8号染色体133435bp处,其突变类型为GA;SNP43位于8号染色体47612827bp处,其突变类型为TA;SNP44位于8号染色体115190887bp处,其突变类型为GA;SNP45位于9号染色体56049266bp处,其突变类型为GA;SNP46位于11号染色体78396948bp处,其突变类型为CA;SNP47位于11号染色体78396993bp处,其突变类型为AG;SNP48位于13号染色体30660582bp处,其突变类型为GC;SNP49位于13号染色体43982773bp处,其突变类型为CT;SNP50位于13号染色体47468808bp处,其突变类型为TC;SNP51位于13号染色体51220907bp处,其突变类型为TC;SNP52位于13号染色体51222109bp处,其突变类型为CT;SNP53位于15号染色体57409689bp处,其突变类型为CT;SNP54位于15号染色体57431817bp处,其突变类型为GT;SNP55位于15号染色体63107876bp处,其突变类型为AG;SNP56位于15号染色体72985805bp处,其突变类型为AT;SNP57位于15号染色体72991321bp处,其突变类型为TG;SNP58位于17号染色体42990525bp处,其突变类型为AG;SNP59位于17号染色体43005390bp处,其突变类型为AC;SNP60位于17号染色体43008076bp处,其突变类型为TC;SNP61位于18号染色体32181137bp处,其突变类型为GA;SNP62位于18号染色体32193213bp处,其突变类型为TC。

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