粤北人民医院赵平森获国家专利权
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龙图腾网获悉粤北人民医院申请的专利一种甲基化组学和宏基因组学分析方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119007824B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-04-22发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411466635.0,技术领域涉及:G16B40/00;该发明授权一种甲基化组学和宏基因组学分析方法是由赵平森;龙颖设计研发完成,并于2024-10-21向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种甲基化组学和宏基因组学分析方法在说明书摘要公布了:本发明涉及生物信息技术领域,尤其涉及一种甲基化组学和宏基因组学分析方法。所述方法包括:针对待测样本的全基因组亚硫酸盐测序数据预处理后得到待分析数据;针对所述待分析数据进行甲基化分析、细菌和真菌微生态分析以及噬菌体分析。本发明联合甲基化组学和微生物宏基因组学针对全基因组亚硫酸盐测序数据进行分析,可以有效筛选到和脓毒症鉴定及相关分析有关的生物因素,这些生物因素可以用于脓毒症鉴定、脓毒症感染部位预测以及死亡率分析中,在脓毒症检测领域具有重要价值。
本发明授权一种甲基化组学和宏基因组学分析方法在权利要求书中公布了:1.一种甲基化组学和宏基因组学分析方法在筛选用于脓毒症鉴别的生物因素中的应用,其特征在于,包括:针对待测样本的全基因组亚硫酸盐测序数据预处理后得到待分析数据;针对所述待分析数据进行甲基化分析、细菌和真菌微生态分析以及噬菌体分析;所述甲基化分析包括:采用400-600bp窗口滑动和150-250bp重叠分析,对于符合如下条件的位点确定为甲基化位点:i)处于启动子或外显子区域;ii)经过去重后,有3倍以上reads确定位点存在;iii)在40%的同组样本出现;iv)甲基化程度差异>20%;所述预处理包括:去除低质量reads,GC校正,获取甲基化数据和微生态数据;所述甲基化数据用于后续的甲基化分析,所述微生态数据经过注释分类后用于后续的细菌和真菌微生态分析以及噬菌体分析;所述甲基化分析中,对于符合正态分布的计量数据,采用独立样本t检验;对于不满足使用参数统计方法的计量数据,采用Wilcoxon秩和检验;对于分类数据,采用两个率的比较;对于符合正态分布的统计数据的相关性分析采用Pearson检验,对于不符合正态分布的统计数据的相关性分析采用Spearman检验;所述细菌和真菌微生态分析包括:对所述待分析数据进行物种分类,并通过贝叶斯算法估算各物种的组成和丰度;之后进行α多样性分析和β多样性分析;所述α多样性分析估算微生物群落的丰度和多样性,所述β多样性分析估算不同样品、不同组件样品的微生物群落构成差异;所述噬菌体分析包括:构建噬菌体数据库;将所述待分析数据比对至所述噬菌体数据库,保留比对上的reads;生成Hifireads之后比对至甲基化噬菌体数据库,进行甲基化检测、去重并限制至少在100个噬菌体基因组中出现,得到非冗余基序;将所述非冗余基序比对至生物信息学数据库,保留比对上的基序,分析噬菌体家族和丰度;所述噬菌体数据库通过如下方法制备得到:从大数据库中以phage和bacteriophage作为搜索词在病毒序列中搜索,获取开放阅读框、基因、蛋白质、区域和修改过的基因组的序列,合并作为噬菌体数据库;针对所述噬菌体数据库的比对包括第一次Blast和第二次Blast;所述第一次Blast包括:以所述噬菌体数据库作为Blast数据库,将所述待分析数据中的非人类reads进行比对,Blast条件包括:字词大小为28,e值为0.0005,剔除限制为1,保留匹配上的reads;之后移除这些reads中和人类序列能匹配上的reads得到第一比对reads组合;所述第二次Blast包括:以所述噬菌体数据库作为Blast数据库,将所述第一比对reads组合进行比对,Blast条件包括:字词大小为28,使用8个线程,e值截断值小于0.0005,剔除限制为10,获取覆盖噬菌体间高度保守序列的reads。
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