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申请/专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司

申请日：2014-08-12

公开（公告）日：2014-11-19

公开（公告）号：CN104156633A

专利技术分类：

专利摘要：本发明涉及一种基于RAD图谱完善SSR图谱的方法，获得样品的SSR图谱和RAD图谱，判断各scaffold所对应的真实连锁群和冲突连锁群，建立SSR连锁群和RAD连锁群的一一对应关系；根据无冲突的scaffold的标记的遗传距离和标记在scaffold上的物理位置，通过计算确定各scaffold在连锁群内的排列顺序和方向，已建立一一对应关系的SSR连锁群和RAD连锁群，以SSR图谱中的SSR连锁群内的scaffold为骨架，将RAD连锁群内除共有scaffold外的其他scaffold补充到SSR图谱的SSR连锁群中，组装成整合图谱，从而得到染色体组装序列。本发明的基于RAD图谱完善SSR图谱的方法将SSR图谱信息和RAD图谱信息整合在一起，相互纠正，相互补充，可以有效地提高图谱精度和图谱长度的。

专利权项：一种基于RAD图谱完善SSR图谱的方法，其特征在于，包括以下具体步骤：A．采用现有的SSR测序方法和RAD测序方法分别对样品进行测序获得样品的SSR图谱和RAD图谱；B．在SSR图谱和RAD图谱中，分别确定标记在各scaffold上的物理位置，统计scaffold在连锁群上的分布，确定scaffold与连锁群的对应关系；C．在SSR图谱和RAD图谱中，判断各scaffold所对应的真实连锁群和冲突连锁群；当真实SSR连锁群和真实RAD 连锁群有共有的scaffold时，建立SSR连锁群和RAD连锁群的一一对应关系；当scaffold有冲突连锁群时，去除冲突连锁群中所述scaffold的标记，得到无冲突的scaffold的标记；D．在SSR图谱和RAD图谱中，分别根据无冲突的scaffold的标记的遗传距离，确定各scaffold在连锁群内的排列顺序；E．在SSR图谱和RAD图谱中，分别根据无冲突的scaffold的标记的遗传距离和标记在scaffold上的物理位置，确定各scaffold在连锁群内的方向；F. 已建立一一对应关系的SSR连锁群和RAD连锁群，根据SSR图谱和RAD图谱中各scaffold在连锁群内的排列顺序和方向，以SSR图谱中的SSR连锁群内的scaffold为骨架，将RAD连锁群内除共有scaffold外的其他scaffold补充到SSR图谱的SSR连锁群中，组装成整合图谱；G．将整合图谱中的scaffold连接起来，得到染色体组装序列。

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