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申请/专利权人：三门峡职业技术学院
摘要：本发明提供一种利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法，具体步骤如下：（1）选取不同的野生丹参种群，对每株野生丹参幼嫩茎叶进行基因组总DNA的提取；采用引物YCF1–RPS15对野生丹参种群个体进行PCR扩增，获得YCF1–RPS15序列的扩增产物；引物序列为：YCF1：5´CTTGTATGRATCGTTATTGKTTTG3´；RPS15：5´CAATTYCAAATGTGAAGTAAGTCTCC3´；根据序列比对和生物信息学分析，获得野生丹参不同地理种群的遗传多样性水平和群体遗传结构。本发明提供的方法能分析野生丹参种群的遗传变异，了解河南省野生丹参群体的遗传多样性和遗传结构情况，结果可为野生丹参资源的合理利用和保护提供科学依据。
主权项：1.一种利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法，其特征在于：具体步骤如下：（1）选取不同的野生丹参种群，每个种群采集至少3株野生丹参幼嫩茎叶；（2）对每株野生丹参幼嫩茎叶进行基因组总DNA的提取；（3）采用通用引物YCF1–RPS15对野生丹参种群个体进行PCR扩增，获得YCF1–RPS15序列的扩增产物；对PCR产物纯化后进行双向测序，获得所有丹参个体YCF1–RPS15序列的核苷酸序列；其中，PCR扩增采用的通用引物序列为：YCF1：5´CTTGTATGRATCGTTATTGKTTTG3´；RPS15：5´CAATTYCAAATGTGAAGTAAGTCTCC3´；（4）用DNAStar中的SeqMan软件对双向测序后的序列进行拼接；用ClustalX2软件对拼接后的序列进行比对；用DnaSP5软件统计cpDNA单倍型，计算种群的核苷酸多态性和单倍型多态性，并根据岐点分布图追溯种群历史动态变化；用Arlequinver3.5软件进行分子方差AMOVA分析，计算种群内和种群间的遗传变异；用MEGA6.0构建野生丹参群体的亲缘关系；（5）根据序列比对和生物信息学分析，获得野生丹参不同地理种群的遗传多样性水平和群体遗传结构。
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