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申请/专利权人:三门峡职业技术学院
摘要:本发明提供一种利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法,具体步骤如下:(1)选取不同的野生丹参种群,对每株野生丹参幼嫩茎叶进行基因组总DNA的提取;采用引物YCF1–RPS15对野生丹参种群个体进行PCR扩增,获得YCF1–RPS15序列的扩增产物;引物序列为:YCF1:5´CTTGTATGRATCGTTATTGKTTTG3´;RPS15:5´CAATTYCAAATGTGAAGTAAGTCTCC3´;根据序列比对和生物信息学分析,获得野生丹参不同地理种群的遗传多样性水平和群体遗传结构。本发明提供的方法能分析野生丹参种群的遗传变异,了解河南省野生丹参群体的遗传多样性和遗传结构情况,结果可为野生丹参资源的合理利用和保护提供科学依据。
主权项:1.一种利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法,其特征在于:具体步骤如下:(1)选取不同的野生丹参种群,每个种群采集至少3株野生丹参幼嫩茎叶;(2)对每株野生丹参幼嫩茎叶进行基因组总DNA的提取;(3)采用通用引物YCF1–RPS15对野生丹参种群个体进行PCR扩增,获得YCF1–RPS15序列的扩增产物;对PCR产物纯化后进行双向测序,获得所有丹参个体YCF1–RPS15序列的核苷酸序列;其中,PCR扩增采用的通用引物序列为:YCF1:5´CTTGTATGRATCGTTATTGKTTTG3´;RPS15:5´CAATTYCAAATGTGAAGTAAGTCTCC3´;(4)用DNAStar中的SeqMan软件对双向测序后的序列进行拼接;用ClustalX2软件对拼接后的序列进行比对;用DnaSP5软件统计cpDNA单倍型,计算种群的核苷酸多态性和单倍型多态性,并根据岐点分布图追溯种群历史动态变化;用Arlequinver3.5软件进行分子方差AMOVA分析,计算种群内和种群间的遗传变异;用MEGA6.0构建野生丹参群体的亲缘关系;(5)根据序列比对和生物信息学分析,获得野生丹参不同地理种群的遗传多样性水平和群体遗传结构。
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