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申请/专利权人：中国科学院南海海洋研究所
摘要：本发明公开了一种基于香港牡蛎和熊本牡蛎种间杂交家系的高密度遗传连锁图谱快速构建方法，包括以下步骤：1种间杂交作图群体构建；2种间杂交子代的分子鉴定；3简化基因组文库构建和高通量测序；4高密度遗传连锁图谱构建。本发明建立了高效低成本的两种牡蛎SNP标记技术体系，获得的种间通用SNP标记具有高效性、稳定性和共显性等优点，利用该套标记可以进行两种牡蛎的遗传图谱构建、遗传多样性分析、品种鉴定和分子标记辅助育种等研究，推动两种牡蛎的遗传学和分子育种技术的发展。
主权项：1.一种基于香港牡蛎和熊本牡蛎种间杂交家系的高密度遗传连锁图谱快速构建方法，其特征在于，包括以下步骤：1种间杂交作图群体构建：在香港牡蛎和熊本牡蛎的繁育重叠季节，通过解剖性腺的手段获取精卵，采用单对单家系的制作模式，构建香港牡蛎与熊本牡蛎的种间杂交家系；2种间杂交子代的分子鉴定：采用微卫星引物Ch513F:5'-CTGGAATCGGTATGTCTT-3'和R:5'-GTTACGTGCACCCTAAAT-3'对香港牡蛎和熊本牡蛎种间杂交子代进行分子鉴定，根据PCR扩增产物电泳结果筛选出真正杂交种；3简化基因组文库构建和高通量测序：将真正杂交种的基因组DNA进行酶切；酶切后的片段两端用T4连接酶加接头和barcode；使用改进的磁珠回收系统，通过调整磁珠溶液与连接产物的体积比来调节回收片段大小；对回收片段使用Taq酶进行PCR扩增；将混好的文库在IlluminaNovaseqPE300平台上测序；4高密度遗传连锁图谱构建：将测序所得的RawReads进行过滤获得CleanReads；使用bwa软件将CleanReads比对到香港牡蛎参考基因组，使用GATK流程进行SNP检测，完成亲本间标记后，将符合群体亲本多态性位点的子代分型进行基因型编码，将获得的SNP分型结果进行过滤，然后进行连锁群划分，对每个连锁群采用回归算法进行排序，采用Kosambi函数将重组率转换为遗传距离，绘制遗传图谱，采用R中的LingageMapView软件包进行图谱结果的可视化。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 中国科学院南海海洋研究所 一种基于香港牡蛎和熊本牡蛎种间杂交家系的高密度遗传连锁图谱快速构建方法
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