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申请/专利权人：予果生物科技(北京)有限公司;西咸新区予果微码生物科技有限公司;予果智造科技(北京)有限公司
摘要：本发明提供了一种基于Nanopore测序技术特征化细菌DNA甲基化的方法和应用，属于生物信息技术领域，包括如下步骤：获取目标菌株的Nanopore测序fast5和fastq数据，对测序数据进行质控；获取目标菌株参考基因组，利用nanopolish或tombo软件获得不同修饰类型位点的全基因组范围的DNA甲基化水平；特征化细菌的DNA甲基化模式，深入阐述基于DNA甲基化的表观遗传的调控机制。本发明提供的方法可以帮助全面特征化细菌的DNA甲基化图谱，探索之前隐藏的细菌领域的表观遗传调控机制，具有重要的应用价值。
主权项：1.一种基于Nanopore测序技术特征化细菌DNA甲基化的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：1获取目标菌株的Nanopore测序数据；2确定目标菌株的参考基因组；3获得不同类型的位点的甲基化水平并绘制进化关系：基于测序的fast5和fastq文件以及目标菌株的参考基因组，利用tombo或者nanopolish软件，获得目标菌株不同甲基化修饰类型的全基因组范围的DNA甲基化水平；基于不同修饰类型的全基因组范围位点的DNA甲基化水平，从表观遗传的角度鉴定菌株间的亲缘关系；4特征化菌株的DNA甲基化：预测目标菌株参考基因组的基因注释、重复区域、操纵子区域，获得目标菌株在基因、重复区域以及操纵子上的不同修饰类型的DNA甲基化模式；denovo预测目标菌株的DNA甲基化序列特征motif，分析靶向motif的DNA甲基转移酶或限制性修饰酶；根据不同修饰类型位点的DNA甲基化水平计算基因的甲基化水平，获得高甲基化水平的基因的功能；5比较不同表型菌株的DNA甲基化模式，获得DNA甲基化对于表型差异的调控机制。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 予果生物科技(北京)有限公司 西咸新区予果微码生物科技有限公司 予果智造科技(北京)有限公司 一种基于Nanopore测序技术特征化细菌DNA甲基化的方法和应用
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