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申请/专利权人：华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学
摘要：一种基于matk基因的未知植物物种识别数据库的构建方法及数据库，所述方法包括步骤：获取含有matk基因的原始序列数据文件；提取所述原始序列数据文件中的物种注释信息；将所述物种注释信息整合至所述matK基因上，以得到matK序列；对所述matk序列进行质量控制；根据所述matk序列之间的相似性进行聚类；根据聚类结果构建所述数据库。本申请提供的一种基于matk基因的未知植物物种识别数据库的构建方法及数据库优点为：1检测通量高；2高灵敏度和选择性；3该方法所构建的数据库覆盖面广、数据质量高、信息全面；4可以利用生物信息学方法在物种的水平上确定未知物种。
主权项：1.一种基于matK基因的未知植物物种识别数据库的构建方法，其特征在于，所述方法包括步骤：获取含有matK基因的原始序列数据文件；提取所述原始序列数据文件中的matK序列和物种注释信息；对所述matK序列进行质量控制；根据所述matK序列之间的相似性进行聚类；根据聚类结果构建所述数据库；其中，所述根据所述matK序列之间的相似性进行聚类包括步骤：使用Usearch软件将通过质量控制的所述matK序列按照长度进行排序；将排序后的所述matK序列输入Uclust软件进行最小相似性为预设值的聚类，以得到第一聚类结果；获取当前序列与质心序列的相似度和当前序列的ACCESSION号；将物种注释信息通过ACCESSION号合并到所述第一聚类结果中；计算每个群集中每一物种占所在群集中序列的比例；判断当前物种在群集中占比是否超过预设值；若是，直接使用所述第一聚类结果的序列结果；若否，检验和删除小于预设值的所述第一聚类结果中所占比例小于预设值的序列，以得到第二聚类结果，并与所述第一聚类结果合并，以得到最终聚类结果。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 华中科技大学鄂州工业技术研究院 华中科技大学 一种基于matK基因的未知植物物种识别数据库的构建方法及数据库
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