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申请/专利权人：北京和瑞精湛医学检验实验室有限公司

摘要：本发明的实施例提供了一种从fastq文件分离出样本read数据的方法，包括通过两个线程并发加载包含多个样本的fastq文件，构造read数据并输出；从所述read数据中解析出barcode对，根据所述barcode对与样本编号的对应关系识别所述read数据的所属样本，并将所述read数据插入其所属样本的样本队列；通过异步样本线程池中的异步样本线程，将所述样本队列中的read数据写入对应样本的输出fastq文件中。以此方式，利用并行的工作方式，多个线程同时协同作业，提升了作业效率，极大地缩短了从fastq文件中分离出样本read数据的时间消耗，提高了计算机性能利用率，达到快速从fastq文件中分离出样本read数据的目的。

主权项：1.一种从fastq文件分离出样本read数据的方法，其特征在于，包括：通过两个线程并发加载包含多个样本的fastq文件，构造read数据并输出；从所述read数据中解析出barcode对，根据所述barcode对与样本编号的对应关系识别所述read数据的所属样本，并将所述read数据插入其所属样本的样本队列；通过异步样本线程池中的异步样本线程，将所述样本队列中的read数据写入对应样本的输出fastq文件中；其中，通过两个线程并发加载包含多个样本的fastq文件，构造read数据并输出，包括：分配第一线程、第二线程和一个数据块队列，设置该数据块队列的最大数据项个数限制以及数据块的大小；在所述第一线程中，发出分配请求，等待分配一个所述数据块大小的数据块；在所述第一线程中，按照所述数据块的大小读取所述fastq文件，将读取到的数据放到所述分配的数据块中，判断所述数据块队列是否达到所述最大数据项个数限制，如果是，则进入等待状态，直至所述数据块队列的数据项个数小于所述最大数据项个数限制，将所述数据块插入所述数据块队列的队尾；否则，将所述数据块插入所述数据块队列的队尾；继续判断所述fastq文件是否读取完毕，如果已读取完毕，则设置数据块队列结束标记，并结束第一线程；如果未读取完毕，则返回等待分配数据块，继续加载fastq文件；在所述第二线程中，判断所述数据块队列是否为空且设置结束标记，如果所述数据块队列为空且设置结束标记，则结束第二线程；如果所述数据块队列为空且没有设置结束标记，则进入等待状态，直到所述数据块队列不为空或者被设置结束标记为止；如果所述数据块队列不为空，则从所述数据块队列的头部取出数据块，得到fastq块数据；顺序地将所述fastq块数据进行换行解析，得到若干个read数据，并按次序逐个输出；在所述数据块被消费后，发出释放该数据块的请求。

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