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申请/专利权人:清华大学
摘要:本发明公开了一种在线整合多来源单细胞数据的方法,该方法包括:输入多个不同来源的具有批次效应的单细胞数据;通过批次效应无关的编码器将所述单细胞数据投射到与批次效应无关的、泛化的仅保留生物学信息的单细胞空间;将不同来源的相同类型的细胞在所述单细胞空间对齐,不同类型的细胞分别各自进行定位,彼此分开;通过特异性解码器将特定批次变量信息加入到单细胞空间的各单细胞信息,以重建单细胞数据;本发明实现了与批次无关的单细胞数据整合,具有非常好的泛化性特性,模型训练后对数据能够很好的拟合alignto,对新的批次的数据也能很好的拟合,能够不断整合新产生的数据,实现在线整合onlineintegrate功能。
主权项:1.一种在线整合多来源单细胞数据的方法,其特征在于,该方法包括:输入多个不同来源的具有批次效应的单细胞数据;通过批次效应无关的编码器将所述单细胞数据投射到与批次效应无关的、泛化的仅保留生物学信息的单细胞空间;将不同来源的相同类型的细胞在所述单细胞空间对齐,不同类型的细胞分别各自进行定位,彼此分开;通过特异性解码器将特定批次变量信息加入到单细胞空间的各单细胞信息,以重建单细胞数据;所述将不同来源的相同类型的细胞在所述单细胞空间对齐,包括:通过构建具有共同的细胞类型的测试数据集,对部分重叠的数据集中的主要细胞类型进行下采样,以组合部分重叠的数据集,在所述单细胞空间构建后,将附加数据投射到已建立的所述单细胞空间上,并将附加数据投射到与其相似的细胞靠近的新位置上;所述不同类型的细胞分别各自进行定位,彼此分开,包括:将共同的细胞类型排列到一起并在细胞空间的同一位置上,未重叠的细胞类型分别单独在细胞空间进行定位。
全文数据:
权利要求:
百度查询: 清华大学 一种在线整合多来源单细胞数据的方法和系统
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