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申请/专利权人：上海交通大学
摘要：一种基于蛋白3D结构信息比对的基因组尺度代谢网络模型GEMs从头构建实现方法，具体为基于蛋白质3D结构信息和蛋白质序列信息，分别开展目标菌株与参考菌株的蛋白质序列信息比对和蛋白质结构信息比对并根据比对结果确定不同物种的基因同源关系；以模式生物的GEMs为模板，通过基因同源关系构建非模式生物的GEMs，再经反应缺口填补gapfilling实现目标模型的结构优化，最终获得目标菌株的物种特异性GEMs。本发明基于序列比对和蛋白质结构比对进行细胞中所有蛋白质功能注释进而构建GEMs，能够显著提高基因同源关系注释的准确性，提高非模式生物GEMs构建速度、质量以及最终模型的预测性能。
主权项：1.一种基于蛋白3D结构信息比对的基因组尺度代谢网络模型GEMs从头构建实现方法，其特征在于，基于蛋白质3D结构信息和蛋白质序列信息，分别开展目标菌株与参考菌株的蛋白质序列信息比对和蛋白质结构信息比对并根据比对结果确定不同物种的基因同源关系；以模式生物的GEMs为模板，通过基因同源关系构建非模式生物的GEMs，再经反应缺口填补gapfilling实现目标模型的结构优化，最终获得目标菌株的物种特异性GEMs。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 上海交通大学 基于蛋白3D结构信息比对的代谢模型从头构建方法
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