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申请/专利权人：浙江大学

摘要：本发明公开了一种16SrRNA基因通用引物的个性化改进方法及系统。16SrRNA基因的通用引物不能覆盖所有微生物常常导致漏检个性化研究中的目标微生物，改进通用引物以提高对目标微生物的覆盖率可以解决这个问题。该方法将1条通用引物与1条经silva网站评估的未被通用引物覆盖的目标微生物的16SrRNA基因通过本发明生成1条覆盖该目标序列的新通用引物，将新通用引物与其未覆盖的16SrRNA基因迭代运行就可获得新一轮的引物，从而使通用引物对该目标微生物的覆盖率尽可能的提高。本发明能够针对不同研究所需覆盖的微生物类别对通用引物进行个性化改进，获得比以往的经典通用引物更高的覆盖率，且改进后的通用引物能比改进前检出更多的目标微生物。

主权项：1.一种16SrRNA基因通用引物的个性化改进方法，其特征在于，包括：S1：针对待改进的目标通用引物，获取其在silva数据库中的引物覆盖率评估结果，若该目标通用引物在目标微生物类别内的覆盖率未达到期望覆盖率，则从引物覆盖率评估结果中获取一条目标微生物类别内未被目标通用引物覆盖的16SrRNA基因序列作为正义链序列；将正义链序列进行反向互补操作，获得反义链序列；S2、将正义链序列作为待匹配基因序列，将目标通用引物的正向引物序列作为待匹配引物序列，构成一组匹配序列对；将反义链序列作为待匹配基因序列，将目标通用引物的反向引物序列作为待匹配引物序列，构成另一组匹配序列对；对每一组匹配序列对执行碱基匹配，定位得到待匹配基因序列中与待匹配引物序列长度相同且不匹配碱基数量最少的基因序列段，并记录待匹配引物序列中与所述基因序列段既不符合完全相同也不符合简并相同的不匹配碱基对数量；若所述不匹配碱基对数量超过silva数据库中执行引物覆盖率评估所允许的单条序列简并碱基数量上限，则直接终止引物的改进，否则遍历每一对不匹配碱基对，以完全覆盖这一对不匹配碱基对且简并程度最小的简并碱基替换待匹配引物序列中这一对不匹配碱基对所在位置的碱基，从而更新匹配序列对中的待匹配引物序列；S3、将两组匹配序列对中更新后的待匹配引物序列作为新通用引物的正反向引物序列，从而得到针对所述目标微生物类别的个性化改进结果。

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