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申请/专利权人：兰州大学
摘要：本发明开发了一种基于高通量测序技术分析微生物群落绝对丰度的方法并予以应用，属于微生物扩增子检测技术领域。本发明使用合成的嵌合DNA作为内标以同时对样品中的微生物群落包括细菌、真菌和原生生物进行绝对定量。具体方法如下：合成的嵌合DNA直接添加到环境样品中；提取环境样本的基因组DNA；PCR扩增真菌ITS序列、细菌16S序列和原核生物18S序列，进行高通量测序；高通量测序结果计算扩增子家族的相对丰度和绝对丰度例如每单位质量样品的原核16S、真核18S和真菌ITS。本发明以高度复杂的环境样品作为研究对象证明了该方法能够灵敏准确地量化特定群体的绝对丰度。本方法广泛适用于不同来源样品的微生物群落分析，包括来自土壤的环境样品、来自植物组织的样品、来自人类肠道的样品以及来自食物样品的样品。本发明方法操作简单、检测准确、应用广泛，在微生物群落的鉴定分析中具有广阔的市场前景。
主权项：1.一种基于高通量测序的微生物种群绝对定量的分析方法，其主要步骤包括：S1、设计含有一段自然环境中不存在的人工合成序列，这样利用PCR扩增得到的片段，进行高通量测序后，能够很容易地将该片段从微生物的测序结果中分离出来，从而起到定量内参的作用；S2、将设计合成的嵌合内标质粒与土壤样品混合后，提取总DNA；S3、利用物种通用引物PCR扩增S2中的总DNA，得到PCR产物；S4、将S3所得PCR产物进行高通量测序；S5、对所述扩增子测序依次进行序列清晰以及质量分析，以筛选出满足要求的合格数据；S6、将步骤S5所得到的数据进行合并处理，并进行进一步筛选；S7、将步骤S5所得到的数据进行去噪、去嵌合体以及去除测序错误或PCR扩增导致的错误；S8、将步骤S5所得到的数据进行物种注释，以获取在不同分类水平上的物种分类注释信息；S9、将步骤S5所得到的数据进行多样性分析。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 兰州大学 一种基于高通量测序的土壤微生物种群绝对定量方法
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