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申请/专利权人：江苏丘陵地区镇江农业科学研究所

摘要：本发明公开了一种分子标记辅助选育抗稻瘟病耐低温水稻的育种方法，利用地谷和非广谱抗稻瘟病品种在Bsr‑d1基因启动子‑618处的序列GA差异，设计了五引物扩增受阻突变体系PARMSSNP引物；本发明还利用地谷、南粳9108、镇稻9471‑Pigm，在田间综合性状选择的基础上，利用Bsr‑d1基因功能标记进行基因型检测，进行广谱抗稻瘟病优质新品种选育；同时将中间材料与东北材料稻花香杂交，利用携带各地稻瘟病菌的地下水对新材料进行稻瘟病抗性、耐低温性鉴定与选择，将广谱抗稻瘟病优质新品种选育与耐低温品种选育结合。本发明不仅快速、高效的对耐低温和抗稻瘟病两个性状同时进行了选择，还有利于选择对不同稻瘟病小种具有抗性的水稻品种。

主权项：1.一种分子标记辅助选育抗稻瘟病耐低温水稻的育种方法，其特征在于包括如下步骤：1根据地谷与非广谱抗稻瘟病品种存在的Bsr-d1LOC_Os03g32230启动子-618处的序列GA差异，设计五引物扩增受阻突变体系PARMSSNP引物；2五种引物混合形成10μL体系用于检测，其中Bsr-d1-Rc与F组合，通过严格的特异性扩增，获得大量FAM荧光信号，用以鉴别Bsr-d1-G，Bsr-d1-Rt与F组合，通过严格的特异性扩增，获得大量HEX荧光信号，用以鉴别Bsr-d1-A；若检测到FAM、HEX两种荧光，则被检测个体基因型为Bsr-d1-GA；3利用多个不抗稻瘟病的粳稻、籼稻品种及其与地谷的F1和抗稻瘟病品种地谷对Bsr-d1基因的PARMSSNP标记进行筛选验证，确定引物BSr-d1-RcRtF2为用于Bsr-d1基因等位基因型快速检测的引物组合；4重点选择了地谷南粳9108、地谷镇稻9471-Pigm两个组合，在田间综合性状选择的基础上，利用Bsr-d1基因功能标记进行基因型检测，通过聚合形成Bsr-d1+Wx-mq、Bsr-d1+Wx-b+Pigm、Bsr-d1+Wx-mq+Pigm模型，进行广谱抗稻瘟病优质新品种选育；5部分材料与东北材料稻花香杂交，通过播期调节与生育期筛选在句容进行2次加代选育，将广谱抗稻瘟病优质新品种选育与耐低温品种选育结合；6对于2次加代的材料，4月25日播种，移栽后15天开始，连续10-15天，利用携带各地稻瘟病菌的地下水，对材料进行进一步的稻瘟病抗性、耐低温性鉴定与选择。

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