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一种获得非模式物种T细胞受体TCR多样性信息的方法 

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申请/专利权人:北京百奥益康医药科技有限公司

摘要:本发明提供了一种获得非模式物种T细胞受体TCR多样性信息的方法,包括:获取非模式目标物种的参考基因组数据和同源物种的TCR数据并进行整理和注释,获得目标物种的TCR数据;使用TCR数据创建参考数据库;基于TCR数据确定引物设计区域并针对该区域设计引物从而靶向扩增目标物种的TCR区域,由此构建得到目标物种的TCR文库并测序和分析,获得目标物种的TCR多样性信息。本发明还涉及用于单细胞TCR组库构建的引物及其应用。本发明方法可应用于TCR信息未知或信息不全的非模式物种,使TCR组库研究不再局限于特定物种,所设计的引物组具有物种特异性且覆盖TCR区域,提高了TCR多样性信息分析的完整性和准确性。

主权项:1.一种获得非模式物种T细胞受体TCR多样性信息的方法,其特征在于,所述方法包括:1从NCBI数据库中检索、下载目标物种的参考基因组数据,其中所述目标物种为非模式物种;2从IMGT数据库中检索、下载同源物种的TCR数据并进行整理,其中所述同源物种与所述目标物种同源;3通过同源比对,基于所述目标物种的参考基因组数据和所述同源物种的TCR数据进行注释,获得目标物种的TCR数据;4使用所述目标物种的TCR数据,创建VDJ分析参考数据库;5基于所述目标物种的TCR数据,确定引物设计区域;6针对所述引物设计区域,设计通用多重巢式PCR引物组;7利用所述通用多重巢式PCR引物组靶向扩增目标物种的TCR区域,由此构建得到目标物种的TCR文库;8对所述目标物种的TCR文库进行测序,得到目标物种测序数据;9基于所述VDJ分析参考数据库,对所述目标物种测序数据进行分析,获得目标物种的TCR多样性信息。

全文数据:

权利要求:

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