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细胞计量分析方法 

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申请/专利权人:梅塔福拉生物系统公司;法国国家信息与自动化研究所;巴黎-萨克雷大学

摘要:本发明涉及用于分析与选自细胞、细胞来源囊泡、无细胞微生物和或生物功能化材料的多个生物对象相关的数据集21的计算机实施方法和相应装置1;所述数据集21包括N个细胞计量事件,每个都与生物对象有关,每个细胞计量事件由针对相应生物对象测量的至少两个细胞计量参数定义,以使数据集21在D维空间中由N个点的云X来表示;所述装置和方法被配置为输出至少代表生物对象的不同类别及其相互关系的分层结构31。

主权项:1.一种计算机实施方法,其用于分析与选自细胞、细胞来源囊泡、无细胞微生物和或生物功能化材料的多个生物对象相关的数据集21;所述数据集21包括N个细胞计量事件,每个细胞计量事件均与生物对象相关,每个细胞计量事件由针对相应的生物对象测量的至少两个细胞计量参数定义,以使数据集21在D维空间中由N个点的云X来表示,所述方法包括:-对于所述云X的每个点xi确定43密度wxi,其与所述点xi和一组相邻点Vpxi之间的距离之和的D次方成反比,所述一组相邻点由最接近所考虑的点xi的所述云X的p个点组成;-将点的所述云X分割44为模态段Mj,每个模态段Mj包含局部呈现最大密度的模态点mj,云的点属于所述模态点mj的吸引域;吸引域的点根据其密度wxi相对于其q个最近的相邻点的密度被递归识别;-确定45每个模态段Mj的持续性β,所述持续性β:·其值无穷大,如果所述模态段Mj没有相邻模态段Mt具有密度大于其模态点mj的密度的点;如果两个或多于两个模态段共享大于零的相同密度鞍部,则它们是相邻的;否则·表示所述模态段Mj与至少一个相邻模态段Mt之间的密度鞍部的深度;-从模态段Mj开始:a确定所考虑的模态段Mj及其相邻模态段Mt中哪个对应于最高吸引域,以识别所考虑的模态段Mj与其相邻模态段Mt之间的分层连接;b融合所考虑的模态段Mj和与所考虑的模态段Mj的持续性低于或等于预定持续性阈值的模态段,从而定义具有更高吸引域的父模态段,并将融合的模态段的点中呈现最大密度的点定义为模态点mj;c迭代地重复操作a和b,每次新迭代从父模态段开始;从而确定46根据持续性定义的分层结构31,所述分层结构31包含多个层次Lk,每个层次Lk定义云X的分割为多个类别Ckh,每个类别Ckh包含一个或多于一个模态段Mj的全部点,并且代表多个生物对象的组;-至少输出代表生物对象的不同类别及其相互关系的分层结构31。

全文数据:

权利要求:

百度查询: 梅塔福拉生物系统公司 法国国家信息与自动化研究所 巴黎-萨克雷大学 细胞计量分析方法

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