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用于羊草种质鉴定的KASP标记引物组合及其应用 

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申请/专利权人:中国农业科学院草原研究所

摘要:本发明公开了一种用于羊草种质鉴定的KASP标记引物组合及其应用。用于羊草种质鉴定的KASP标记引物组合,由36对KASP引物组成。KASP标记引物组合可用于构建羊草种质资源指纹图谱。本发明对99份羊草的dd‑RAD简化基因组测序数据开发36对核心SNP标记,并基于该36对核心引物KASP标记构建了99份羊草的指纹图谱,发现该36个KASP标记可清晰区分所有参试99份的羊草种质资源。通过指纹图谱构建为种质资源构建了分子身份证,使得分子鉴定步骤更简单、更省时、成本更低,并可提高品种选育的准确度,也可用于品种真伪鉴别及种质资源亲缘关系鉴定。

主权项:1.一种用于羊草种质鉴定的KASP标记引物组合,其特征在于:所述KASP标记引物组合由36对KASP引物组成,KASP引物的核苷酸序列如下表所示: 引物名称 正向引物-1 正向引物-2 通用引物 Marker1 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGTACCTAGTATTGATGACTACGTCGCC GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGTACCTAGTATTGATGACTACGTCGCT CTTACTGCTATATCTCCATGCCCTTTG Marker2 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGATTCGTTTTCAGTTCCCCATCAGT GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTGATTCGTTTTCAGTTCCCCATCAGA CATATCAGCCACATTCAACAAGTCTT Marker3 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCTTCTTCTCTTTCTTGCTCTGCTTTCC GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCTTCTTCTCTTTCTTGCTCTGCTTTCT CATTTTCACACTTGGAGAACAATTGTC Marker4 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGCTGCGTGTGTGATTAGTGCAC GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGCTGCGTGTGTGATTAGTGCAT TAAAAGTGGAAGCCGCTGGTAT Marker5 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGGCTGTACTATGATACAATAATCACAACGC GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGCTGTACTATGATACAATAATCACAACGT CGACAACTAGCTATCATATCAAAGAGTATG Marker6 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCATAGGGAGTATGTCCTTCTGATACC GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCATAGGGAGTATGTCCTTCTGATACA ACGGAAATGGATACTATCAGAAACGA Marker7 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTTTCCCACGTAATCCAGCTCCATT GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTTTCCCACGTAATCCAGCTCCATC CTCTCCATCACACAGCTCATTTCA Marker8 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGTTGCTTCTTGAGTATGATAGCTCGTTTA GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAGTTGCTTCTTGAGTATGATAGCTCGTTTG GAGTACTCTTCCTACATCCTAAGTATTTCA Marker9 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAGTATGTGTGTAGCAGAGGTTAGTCA GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGAGTATGTGTGTAGCAGAGGTTAGTCT GCATGTGAGGTACTACTAATCAATTCC Marker10 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTCGCCAAAGCTTTCATTTGAGCC GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTCGCCAAAGCTTTCATTTGAGCA CAAACGCTTTTTCAAATGGGTGG Marker11 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAGTCTTTCTCTCCAACTTGTGGTCT GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGAGTCTTTCTCTCCAACTTGTGGTCC AAATAAGCACGGTACTAAAAGGTCAC Marker12 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGCATGTTATAGATGGTGCTGATGAAGG GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGCATGTTATAGATGGTGCTGATGAAGA GGAAAAGGGAAAATATTACATCAGGCT Marker13 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCCTCTCCAGGTGCAAGAATTG GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCCTCTCCAGGTGCAAGAATTA GTTGTCCCTGTGTACTGCAGA Marker14 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCAACAACTTCTTCAACCAATCTCATCTTCC GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCAACAACTTCTTCAACCAATCTCATCTTCG GAAACGAATACTGAAGGAATTTGGTATGAC Marker15 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGGAGTACAAAGATTCAGTGGCCAA GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGAGTACAAAGATTCAGTGGCCAG TAGTCCTAATCTACTCGTCACCGT Marker16 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGCCTGGTGCTGTATGCTTATAATGG GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGCCTGGTGCTGTATGCTTATAATGC ATACCTTGAACTGTAGTACTGCCTC Marker17 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAATGCCTGCTCTCGGATTCCTAC GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAATGCCTGCTCTCGGATTCCTAT GCATAACAAGATGTGGAGATGGC Marker18 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTTGATTGAACGGTTGTCCTTAGACTCA GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTTGATTGAACGGTTGTCCTTAGACTCG TTGTAGGATTTTTAGTGGATCAAAGGC Marker19 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGCTTAAGAGGCATAAGGGTGGAAT GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTGCTTAAGAGGCATAAGGGTGGAAC GTATCAGAGCCATCCTTACTGTAGG Marker20 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGTCACCAGACACCAGTGAGAGC GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGTCACCAGACACCAGTGAGAGT TAACGCTATGTTGTCTCGGGAG Marker21 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCGGCTAGCTTTCATTTCATGCTAAGTAG GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCGGCTAGCTTTCATTTCATGCTAAGTAA ACATGTTCAAGTAACCAAGTTACCTTTC Marker22 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGTCAAATCAATCGACGGTGCCG GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGTCAAATCAATCGACGGTGCCA CCATGCCAGCGCTATGTTTTTA Marker23 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTACAGGTTGGCTTCAGTGTGTTACT GAAGGTCGGAGTCAACGGATTACAGGTTGGCTTCAGTGTGTTACC TGAGTGAGTGCAAAGGTTTTTGAA Marker24 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCCGACAGGAGGCATAGGAAACT GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCCGACAGGAGGCATAGGAAACC GACATGCGTGTTGGTTCAGAAA Marker25 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGCTTGCTTGTCCATGCATAGATCG GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGCTTGCTTGTCCATGCATAGATCA ACGACAAATGAGAGATGTTCGAGA Marker26 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGTTTGAATTCAGGCATGCAGGC GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAGTTTGAATTCAGGCATGCAGGA TGAAACGGATGGAGTACATGGTT Marker27 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGATGCGTGAATAAGAAGTAGAAGGAAAGAG GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGATGCGTGAATAAGAAGTAGAAGGAAAGAA CTCGTGTATTTATATGCTATAAGGGTGAG Marker28 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGGAAGACTCTCGTACTGCGCTC GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGAAGACTCTCGTACTGCGCTT CGTCAAAACTTGGTGGATCGAC Marker29 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTCCAACCAAGCAACATCTATAAAGGGT GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTCCAACCAAGCAACATCTATAAAGGGG AATATGTCTTAAAAAGTGTCGGATGCG Marker30 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTCAATGAAATGAAGCGCAAGTTCTTTTG GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTCAATGAAATGAAGCGCAAGTTCTTTTA GTTCAGACTAAGGTGTAATTGGTATCAT Marker31 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGTTCTAATAGAAGTCCTTCCCATCCGG GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGTTCTAATAGAAGTCCTTCCCATCCGA AGGCAAATTTTATGGTAGTACACAGTC Marker32 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGACAGCAGGAAACATAAGACCACTC GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGACAGCAGGAAACATAAGACCACTT TTGAAGGCTGCAAACACTAAACTAG Marker33 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGGAACTTCATCCGTCCATGTAGCATA GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGAACTTCATCCGTCCATGTAGCATT TCGTACTTCACAACAACAAAGCATAC Marker34 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGCGTAAGGCTAACTGATTTATATCTGGAAA GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGCGTAAGGCTAACTGATTTATATCTGGAAT GGTCCATTGTCATGTCTAATACAGTTAAGA Marker35 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAATGTTGTGCATGCCCTAATAGCAG GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAATGTTGTGCATGCCCTAATAGCAA ATGAGATATTGTTGCATGCAAGGAG Marker36 GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGTTGCCGTTGCTAGTATGACACA GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTGTTGCCGTTGCTAGTATGACACG GAGTGAAAATGGGCACACATTGTA 。

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