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申请/专利权人：广州华银医学检验中心有限公司;成都华银医学检验所有限公司
摘要：本申请提供了一种基于宏基因组测序进行COVID‑19病毒分型的系统，包括：存储器，所述存储器存储可执行指令；以及一个或多个处理器，所述一个或多个处理器与所述存储器通信以执行可执行指令从而利用病毒宏基因组测序数据进行COVID‑19病毒分型。本申请还提供了能够实现以上功能的计算机程序产品。
主权项：1.一种基于宏基因组测序进行COVID-19分型的系统，其特征在于，包括：存储器，所述存储器存储可执行指令；以及一个或多个处理器，所述一个或多个处理器与所述存储器通信以执行可执行指令从而完成以下操作：操作1：获取mNGS比对病原数据的BAM或SAM格式数据，作为第一数据；操作2：从所述第一数据中分离出COVID-19序列，将所述COVID-19序列转化为fastq格式，作为第二数据；操作3：使用BWAMEM软件，将所述第二数据重新比对到COVID-19病毒的基因组上，用SAMtools工具转为BAM格式并排序，得到第三数据；操作4：使用SAMtools软件的mpileup工具和ivar软件的consensus命令，利用所述第三数据组装基因组序列，得到fasta格式的第四数据；操作5：使用Pangolin软件对所述第四数据进行分型。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 广州华银医学检验中心有限公司 成都华银医学检验所有限公司 基于宏基因组测序进行病毒分型的系统和计算机程序产品
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