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一种基于深度均衡模型的求解分子系统稳态方法 

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摘要:本发明公开了一种基于深度均衡模型的求解分子系统稳态方法,包括:构建数据集,所述数据集中的数据为初始构象‑稳态构象的配对数据;将数据集中的数据划分为训练样本和测试样本;对训练样本先进行时间采样,而后按照布朗桥的路径概率进行采样,得到预处理后的训练样本;构建基于图Transformer或球谐函数表示的SE3等变神经网络模型;利用预处理后的训练样本对SE3等变神经网络模型进行训练,直至SE3等变神经网络模型收敛,得到训练好的SE3等变图神经网络模型;先从初始构象分布∏0中采样,生成一个粗糙构象;再通过模拟以下SDE从联合分布Π0,1中抽样,得到t=1的X1即为所需的稳态构象。

主权项:1.一种基于深度均衡模型的求解分子系统稳态方法,其特征在于:包括以下步骤:构建数据集,所述数据集中的数据为初始构象-稳态构象的配对数据;将数据集中的数据划分为训练样本和测试样本;对训练样本先进行时间采样t~U0,1,U0,1表示0,1区间上的均匀分布,而后按照布朗桥的路径概率Xt~NX0+X1-X0t,σt1-t进行采样,得到预处理后的训练样本;其中,Xt∈Rd代表动力学演化中t时刻的构象,σ表示噪声尺度,X0,X1分别为代表初始构象与稳态构象的随机变量;构建基于图Transformer或球谐函数表示的SE3等变神经网络模型;利用预处理后的训练样本对SE3等变神经网络模型进行训练,直至SE3等变神经网络模型收敛,得到训练好的SE3等变图神经网络模型;先从初始构象分布Π0中采样,生成一个粗糙构象;再通过模拟以下SDE从联合分布Π0,1中抽样,得到t=1的X1即为所需的稳态构象:dXt=vθXt,X0,tdt+σdBt,X0~Π0式中,vθXt,X0,t表示训练好的SE3等变图神经网络模型一个含时向量场,Π0表示初始构象分布,Xt∈Rd代表动力学演化中t时刻的构象,Bt为一个标准的布朗运动。

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