恭喜广州基迪奥生物科技有限公司周煌凯获国家专利权
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龙图腾网恭喜广州基迪奥生物科技有限公司申请的专利一种融合转座酶建库的DAP-seq实验方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN118016154B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-03-28发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202311676774.1,技术领域涉及:G16B25/10;该发明授权一种融合转座酶建库的DAP-seq实验方法是由周煌凯;王建晖;高川;徐毓璇;孙鹏鹏设计研发完成,并于2023-12-08向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种融合转座酶建库的DAP-seq实验方法在说明书摘要公布了:本申请公开了一种融合转座酶建库的DAP‑seq实验方法,利用Tn5转座酶结合未被转录因子TF结合保护的DNA片段区域,产生酶切效应,并完成建库,配合对应的生物信息分析方法,锁定转录因子结合位点TFBS和结合基序motif。本申请所述的融合转座酶建库的DAP‑seq实验方法是利用转录因子结合位点未被转录因子结合保护的特性,采用Tn5转座酶酶切未被转录因子结合保护的DNA片段区域并完成建库,配合对应的生物信息分析方法,实现了TFBS的精确定位和直接锁定高可信的motif序列。
本发明授权一种融合转座酶建库的DAP-seq实验方法在权利要求书中公布了:1.一种融合转座酶建库的DAP-seq实验方法,其特征在于,利用Tn5转座酶结合未被转录因子结合保护的DNA片段区域,产生酶切效应,并完成建库,配合对应的生物信息分析方法,锁定转录因子结合位点和结合基序,包括以下步骤:转录因子蛋白表达与富集:采用小麦胚芽反应体系进行蛋白表达,表达完成后用含有halo-tag抗体的磁珠溶液进行蛋白富集,获得带halo-tag标签的转录因子蛋白;转录因子蛋白表达与富集包括以下步骤:S11采用小麦胚芽反应体系,再进行金属浴;S12待麦胚蛋白表达系统反应完之后室温放置,向其中加入平衡缓冲液,得到混合液Ⅰ;同时将添加了带halo-tag标签的磁珠的平衡缓冲溶液的EP管放置到磁力架上处理后弃上清,加入混合液Ⅰ,室温振荡混匀并孵育;S13待孵育完之后,室温放置磁力架上,吸取上清润洗管壁使黏附的磁珠全部洗脱沉底,弃上清;立即加入平衡缓冲液,混匀仪振荡后取出放置磁力架上静置,弃上清;S14重复上述S11-S13的步骤,得到带halo-tag标签的转录因子蛋白;DNA片段化以及片段筛选:将DNA样本打断后用含有halo-tag抗体的磁珠溶液筛选DNA片段;DNA片段化以及片段筛选包括以下步骤:S21将DNA样本打断,将打断后的DNA转移到EP管中,加入含有磁珠的平衡缓冲溶液,混匀,室温放置,DNA的打断是使用仪器BioruptorPlus进行操作,打断条件为:温度4℃,on30soff30s为一个循环,打断的DNA片段长度为200bp-600bp;S22待溶液澄清时,将上清液转移到新的EP管中,此过程原离心管不离开磁力架;S23向上清液中加入含有磁珠的平衡缓冲溶液,吸打混匀,室温放置在磁力架上;S24待溶液澄清时,弃去上清,即加入溶剂洗涤后,放置分层后弃掉溶剂;将残余的液体吸干,室温放置;S25待磁珠干燥后,加入无核酸酶水,将EP管从磁力架上取下,吸打混匀,室温溶解;S26溶解后将EP管置于磁力架上静置,分层后将上清移至新EP管中;S27量子比特定量,测回收DNA浓度,获得片段化DNA;蛋白亲和吸附DNA片段:筛选出的DNA片段中加入上述转录因子蛋白吸附DNA片段,获得转录因子结合的DNA;蛋白亲和吸附DNA片段包括以下步骤:S31取平衡缓冲溶液到干EP管里,再向其中加入上述片段化DNA,吸打混匀成混合液Ⅱ;S32弃掉磁力架上磁珠中的平衡缓冲溶液,向其中加入上述带halo-tag标签的转录因子蛋白,混匀仪上振荡孵育;S33待孵育完,室温放置磁力架上,吸取上清润洗管壁使磁珠全部沉底,弃上清,立即加入平衡缓冲液,混匀仪上振荡,取出放置磁力架上,弃上清;S34重复上述S31-S33的步骤,得到转录因子结合的DNA片段;Tn5转座酶处理TF结合的DNA:采用Tn5转座酶对上述转录因子结合的DNA进行处理,Tn5转座酶与未被转录因子结合保护的DNA片段区域结合;基于Tn5转座酶处理TF结合的DNA包括以下步骤:S41将上述转录因子结合的DNA片段中残余溶液吸干净,直接加Tn5转座酶反应液,进行孵育;S42待孵育完,室温放置磁力架上,吸取上清润洗管壁使磁珠全部沉底,弃上清,立即加入平衡缓冲溶液,再混匀仪上振荡,取出放置磁力架上至分层后,弃上清;S43重复上述步骤S41和S42,得到Tn5转座酶处理后的产物;构建DNA文库:采用PCR反应体系,通过PCR扩增,构建DNA文库;构建DNA文库包括以下步骤:S52将残余溶液吸干净,直接加PCR反应体系;PCR反应体系为:TaggedDNA18µL;2xHiFiPfu20µL;N5primer1µL,DAP-index,货号DAP-0103B;N7primer1µL,DAP-index,货号DAP-0103B;反应程序为:68℃5min;98℃10s;60℃30s18个循环;72℃30s;72℃2min;S52将PCR产物量到新的离心管,向离心管里面加入1.05×的磁珠,吸打混匀,BLOCK板上室温放置5-15min;S53然后将离心管在磁力架上放置分层,弃上清,立即加入乙醇洗涤,分层后;弃上清,再立即加入乙醇,弃上清,将残余的乙醇吸干净;S54磁力架上放置,待磁珠干燥后,加ddH2O,移去磁力架,反复吹打;S55静置后置于磁力架上静置分层,将上清移至新的EP管中,冷冻保存;测序以及生物信息分析:通过软件对Tn5转座酶处理后的产物进行测序和生物信息分析,筛选出转录因子结合基序。
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