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恭喜细胞生态海河实验室;中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)原佳沛获国家专利权

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龙图腾网恭喜细胞生态海河实验室;中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)申请的专利用于AML诊断的易感SNP位点靶标基因的筛选方法及其应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119580833B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-05-27发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510116879.4,技术领域涉及:G16B20/20;该发明授权用于AML诊断的易感SNP位点靶标基因的筛选方法及其应用是由原佳沛;王乐;曹雷茗;杨扬设计研发完成,并于2025-01-24向国家知识产权局提交的专利申请。

用于AML诊断的易感SNP位点靶标基因的筛选方法及其应用在说明书摘要公布了:本发明涉及生物技术领域,提供一种用于AML诊断的易感SNP位点靶标基因的筛选方法及其应用,方法包括:获取AML易感SNP位点、三维基因组数据以及AML病人队列数据;对三维基因组数据进行预处理,获得DNA相互作用区段;根据DNA相互作用区段预测AML易感SNP位点调控的潜在靶标基因;根据AML易感SNP位点调控的潜在靶标基因,筛选高可信度的转录调控靶标基因,获得高可信度的靶标基因集;运用体外细胞实验验证高可信度的靶标基因集的SNP的转录调控活性。本发明拓展了对于AML易感SNP与靶标基因之间调控网络的理解,提供了新的生物标志物和药物靶点。

本发明授权用于AML诊断的易感SNP位点靶标基因的筛选方法及其应用在权利要求书中公布了:1.一种用于AML诊断的易感SNP位点靶标基因的筛选方法,其特征在于,包括:S1:获取AML易感SNP位点、三维基因组数据以及AML病人队列数据;S2:对三维基因组数据进行预处理,获得DNA相互作用区段;S3:根据DNA相互作用区段预测AML易感SNP位点调控的潜在靶标基因;S4:根据潜在靶标基因、AML病人队列数据筛选高可信度的转录调控靶标基因,获得高可信度的靶标基因集;S41:根据基因型、对mRNA表达有广泛影响的广泛因子以及靶标基因的mRNA表达水平构建靶标基因线性回归模型;以SNP位点处的基因型作为自变量,靶标基因的mRNA表达水平作为因变量,构建靶标基因线性回归模型,靶标基因线性回归模型的计算表达式为: 其中,为靶标基因的mRNA表达值,为SNP位点不同的基因型,为基因型与靶标基因mRNA表达量之间的回归系数,为广泛因子,为随机误差,为SNP基因型和广泛因子均为0时的靶标基因mRNA表达值,为广泛因子与靶标基因mRNA表达量之间的回归系数;广泛因子包括样本的性别、年龄、种族背景以及隐性因子;隐性因子是指与基因表达相关但无法直接测量的因素,种族背景是指利用主成分分析对SNP基因型数据进行降维处理,提取样本之间的主要变异成分;S42:运用最小二乘法计算靶标基因线性回归模型的基因型与靶标基因mRNA表达量之间的回归系数,获得每个基因型与靶标基因mRNA表达量之间的回归系数;S43:根据基因型与靶标基因mRNA表达量之间的回归系数,运用t检验计算统计量,获得每个基因型的P值;S44:运用Fisher’s方法对每个基因型的P值进行计算获得联合P值;S45:对联合P值进行Benjamini-Hochberg校正,获得伪发现率FDR;S46:根据P值,基因型与靶标基因mRNA表达量之间的回归系数以及伪发现率FDR设置三个阈值过滤靶标基因集,筛选同时满足三个阈值的靶标基因,获得高可信度的靶标基因集;阈值1:在至少一个病人队列中,P值0.05;阈值2:多个基因型与靶标基因mRNA表达量之间的回归系数值的方向性相同,均为正相关或负相关;阈值3:伪发现率FDR0.05。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人细胞生态海河实验室;中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所),其通讯地址为:300450 天津市滨海新区滨海高新区滨海科技园月新路以北、惠新路以东渤龙产业园1-3号楼2-1-101;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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