买专利卖专利找龙图腾，真高效！ 查专利查商标用IPTOP,全免费！专利年费监控用IP管家,真方便！

申请/专利权人：予果生物科技(北京)有限公司;西咸新区予果微码生物科技有限公司;予果智造科技(北京)有限公司

摘要：本发明提供了一种基于Nanopore测序技术特征化细菌DNA甲基化的方法和应用，属于生物信息技术领域，包括如下步骤：获取目标菌株的Nanopore测序fast5和fastq数据，对测序数据进行质控；获取目标菌株参考基因组，利用nanopolish或tombo软件获得不同修饰类型位点的全基因组范围的DNA甲基化水平；特征化细菌的DNA甲基化模式，深入阐述基于DNA甲基化的表观遗传的调控机制。本发明提供的方法可以帮助全面特征化细菌的DNA甲基化图谱，探索之前隐藏的细菌领域的表观遗传调控机制，具有重要的应用价值。

主权项：1.一种基于Nanopore测序技术特征化细菌DNA甲基化的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：1获取目标菌株的Nanopore测序数据方法为：对目标菌株进行提取纯化、建库测序，Nanopore测序的同时在测序仪上进行basecall，获得目标菌株的测序数据包含原始电信号fast5文件以及basecall得到的fastq文件；对测序数据进行质控得到cleanread；2确定目标菌株的参考基因组；3获得不同类型的位点的甲基化水平并绘制进化关系：基于测序的fast5和fastq文件以及目标菌株的参考基因组，利用tombo或者nanopolish软件，获得目标菌株不同甲基化修饰类型的全基因组范围的DNA甲基化水平；基于不同修饰类型的全基因组范围位点的DNA甲基化水平，从表观遗传的角度鉴定菌株间的亲缘关系；所述tombo软件首先将所述cleanread比对到所述参考基因组上，其次利用re-squiggle算法将电流信号波形分配给所述参考基因组序列，最后采用alternativemodel检测5mC、6mA、CpG、dam、dcm位点的甲基化水平；4特征化菌株的DNA甲基化：预测目标菌株参考基因组的基因注释、重复区域、操纵子区域，获得目标菌株在基因、重复区域以及操纵子上的不同修饰类型的DNA甲基化模式；denovo预测目标菌株的DNA甲基化序列特征motif，分析靶向motif的DNA甲基转移酶或限制性修饰酶；根据不同修饰类型位点的DNA甲基化水平计算基因的甲基化水平，获得高甲基化水平的基因的功能；采用tombo软件的de_novo算法预测所述目标菌株的DNA甲基化状态，进而选择高甲基化位点的上下游序列信息采用meme软件进行甲基化修饰motif挖掘；所述DNA甲基转移酶和限制性修饰酶及所述motif的对应关系从Rebase数据库中获得；所述基因甲基化水平采用加权和平均两种方法中的一种或者两种进行计算：所述加权方法为该基因上所有位点支持其为甲基化的read之和除以该基因上所有位点的总深度；所述平均方法为该基因上所有位点的DNA甲基化水平取平均；5比较不同表型菌株的DNA甲基化模式，获得DNA甲基化对于表型差异的调控机制。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 予果生物科技(北京)有限公司 西咸新区予果微码生物科技有限公司 予果智造科技(北京)有限公司 一种基于Nanopore测序技术特征化细菌DNA甲基化的方法和应用