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申请/专利权人：湖南省水稻研究所

摘要：本发明提供了一种与水稻抽穗扬花期耐热性相关的InDel分子标记及其引物和应用，属于分子标记技术领域。与水稻抽穗扬花期耐热性相关的InDel分子标记，位于水稻第9号染色体上，插入或缺失片段的核苷酸序列如序列表SEQIDNo.1所示。用于扩增InDel分子标记的引物对，核苷酸序列如SEQIDNo.2～3所示。用于检测水稻抽穗扬花期耐热性的试剂盒，包括所述的引物对。所述InDel分子标记、引物对或试剂盒在预测、鉴定或辅助鉴定水稻抽穗扬花期耐热性表型或在选育水稻耐热品种中应用。同时本发明还提供了利用所述InDel分子标记鉴定水稻耐热性的方法，简便快捷，鉴定结果准确，具有良好的推广应用前景。

主权项：1.一种用于扩增InDel分子标记的引物对或试剂盒在鉴定或辅助鉴定水稻抽穗扬花期耐热性表型中的应用，所述引物对包括正向引物和反向引物；所述正向引物的核苷酸序列如序列表SEQIDNo.2所示；所述反向引物的核苷酸序列如序列表SEQIDNo.3所示；所述InDel分子标记，位于水稻第9号染色体上，插入或缺失片段的核苷酸序列如序列表SEQIDNo.1所示；所述试剂盒包括所述的引物对。

全文数据：一种与水稻抽穗扬花期耐热性相关的InDel分子标记及其引物和应用技术领域本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种与水稻抽穗扬花期耐热性相关的InDel分子标记及其引物和应用。背景技术水稻扬花授粉是结实形成产量的先决条件，如果不能正常扬花授粉，那就会影响当年水稻产量。外界环境条件对水稻授粉影响很大，例如水稻颖花虽然发育正常，但是由于外界不良条件妨碍授粉，便会产生空粒，影响产量。其中高温是妨碍水稻扬花授粉的不利因素之一。高温造成花器官发育不全，花粉发育不良，活力下降，水稻开花散粉和花粉管伸长受阻，导致不能受精而形成空粒。同时高温还能导致花粉管尖端大量破裂，使其失去受精能力；扬花授粉时遇到高温，伤害花粉粒，使之降低活力，温度超过40℃以上，颖花开后花柱会干枯，不能实现扬花授粉。水稻品种抽穗扬花高温热害时有发生，但在相同年份的相同高温生态条件下，有的品种结实正常，有的品种结实下降特别突出，说明品种间对高温的耐热性具有差异性，存在耐热性强和耐热性弱的不同类型品种。目前，改良水稻抽穗扬花期耐热性的方法往往利用单片段置换系改良水稻抽穗扬花期耐热性，采用分子标记多次辅助筛选杂交后代，实现目标后代的快速获得。现有技术中关于水稻抽穗扬花期耐热性的分子标记种类较少，大大限制了遗传育种与品种改良的速度和进程。发明内容有鉴于此，本发明的目的在于提供一种新的与水稻抽穗扬花期耐热性相关的InDel分子标记及其引物和应用。本发明提供的一种与水稻抽穗扬花期耐热性相关的InDel分子标记，位于水稻第9号染色体上，插入或缺失片段的核苷酸序列如序列表SEQIDNo.1所示。本发明提供了一种用于扩增所述InDel分子标记的引物对，包括正向引物和反向引物；所述正向引物的核苷酸序列如序列表SEQIDNo.2所示；所述反向引物的核苷酸序列如序列表SEQIDNo.3所示。本发明提供了一种用于检测水稻抽穗扬花期耐热性的试剂盒，包括所述的引物对。优选的，还包括10×PCRbuffer、dNTP和TaqDNA聚合酶。本发明提供了所述InDel分子标记、所述引物对或所述试剂盒在鉴定或辅助鉴定水稻抽穗扬花期耐热性表型中的应用。本发明提供了所述InDel分子标记、所述引物对或所述试剂盒在选育水稻耐热品种中的应用。本发明提供了所述InDel分子标记、所述引物对或所述试剂盒在预测水稻抽穗扬花期耐热性表型中的应用。本发明提供了一种利用所述InDel分子标记鉴定水稻耐热性的方法，包括以下步骤：1以待鉴定水稻的基因组DNA为模板，利用所述引物对进行PCR扩增，得到PCR产物；2根据PCR产物的大小判断水稻在抽穗扬花期的耐热性情况：当所述待鉴定水稻的PCR产物中缺失SEQIDNo.1所示片段时，则所述待鉴定水稻为热敏感水稻或候选热敏感水稻；当所述待鉴定水稻的PCR产物中插入有SEQIDNo.1所示片段时，则所述待鉴定水稻为耐热水稻或候选耐热水稻；当所述待鉴定水稻的PCR产物为两条条带，分别为缺失SEQIDNo.1所示片段的条带和插入有SEQIDNo.1所示片段的条带，则所述待鉴定水稻为杂合基因型。优选的，所述PCR扩增的反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，35个循环；72℃延伸10min。优选的，所述待鉴定水稻包括水稻种质资源、遗传群体或育种材料。本发明提供的一种与水稻抽穗扬花期耐热性相关的InDel分子标记，位于水稻第9号染色体上，插入或缺失片段的核苷酸序列如序列表SEQIDNo.1所示。基于PCR扩增所述InDel分子标记，可有效区分耐热等位基因型和热敏感等位基因型的序列差异，可用于水稻耐热性鉴定和分子育种。实验证明，利用所述InDel分子标记鉴定205份水稻种质资源的耐热性，有39份水稻材料的鉴定结果为热敏感基因型200bp，这39份水稻材料在高温下的平均结实率为55.2％，其中有26份水稻材料的结实率比整体平均值水平低，占66.7％；有166份水稻材料的鉴定结果为耐热基因型214bp，这166份水稻材料在高温下的平均结实率为65.6％，比39份热敏感基因型的平均值高10.4％，其中有102份水稻材料的结实率比整体平均值水平高，占61.4％；方差分析表明，热敏感基因型与耐热基因型在高温下的结实率呈极显著差异P湖南省水稻研究所一种与水稻抽穗扬花期耐热性相关的InDel分子标记及其引物和应用9SIPOSequenceListing1.0114DNA人工序列ArtificialSequence1ggcggctcagagag14221DNA人工序列ArtificialSequence2agataaagagaaagcgacgag21318DNA人工序列ArtificialSequence3cgtgtaataacgggagcc184200DNA人工序列ArtificialSequence4agataaagagaaagcgacgagatcggtgagacgggacctcatcacaaatcatacagcccg60tgaggacggacggacgcgcggttgagcgaatcaaagctcatccgcagcagagcgagtggc120actgtggcatgtacaggcctacagtgtacaggagagagagaggaggttgaggcgatctct180gcggctcccgttattacacg2005214DNA人工序列ArtificialSequence5agataaagagaaagcgacgagatcggtgagggcggctcagagagacgggacctcatcaca60aatcatacagcccgtgaggacggacggacgcgcggttgagcgaatcaaagctcatccgca120gcagagcgagtggcactgtggcatgtacaggcctacagtgtacaggagagagagaggcgg180ttgaggggatctctgcggctcccgttattacacg214620DNA人工序列ArtificialSequence6caggctacatctccatccct20720DNA人工序列ArtificialSequence7cagcgtcatccgttatctca20818DNA人工序列ArtificialSequence8gtcacacgatttggcgtt18919DNA人工序列ArtificialSequence9ggactttgccgtttactgc19

权利要求：1.一种与水稻抽穗扬花期耐热性相关的InDel分子标记，其特征在于，位于水稻第9号染色体上，插入或缺失片段的核苷酸序列如序列表SEQIDNo.1所示。2.一种用于扩增权利要求1所述InDel分子标记的引物对，其特征在于，包括正向引物和反向引物；所述正向引物的核苷酸序列如序列表SEQIDNo.2所示；所述反向引物的核苷酸序列如序列表SEQIDNo.3所示。3.一种用于检测水稻抽穗扬花期耐热性的试剂盒，包括权利要求2所述的引物对。4.根据权利要求3所述试剂盒，其特征在于，还包括10×PCRbuffer、dNTP和TaqDNA聚合酶。5.权利要求1所述InDel分子标记、权利要求2所述引物对或权利要求3或4所述试剂盒在鉴定或辅助鉴定水稻抽穗扬花期耐热性表型中的应用。6.权利要求1所述InDel分子标记、权利要求2所述引物对或权利要求3或4所述试剂盒在选育水稻耐热品种中的应用。7.权利要求1所述InDel分子标记、权利要求2所述引物对或权利要求3或4所述试剂盒在预测水稻抽穗扬花期耐热性表型中的应用。8.一种利用权利要求1所述InDel分子标记鉴定水稻耐热性的方法，其特征在于，包括以下步骤：1以待鉴定水稻的基因组DNA为模板，利用权利要求2所述引物对进行PCR扩增，得到PCR产物；2根据PCR产物的大小判断水稻在抽穗扬花期的耐热性情况：当所述待鉴定水稻的PCR产物中缺失SEQIDNo.1所示片段时，则所述待鉴定水稻为热敏感水稻或候选热敏感水稻；当所述待鉴定水稻的PCR产物中插入有SEQIDNo.1所示片段时，则所述待鉴定水稻为耐热水稻或候选耐热水稻；当所述待鉴定水稻的PCR产物为两条条带，分别为缺失SEQIDNo.1所示片段的条带和插入有SEQIDNo.1所示片段的条带，则所述待鉴定水稻为杂合基因型。9.根据权利要求8所述方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，35个循环；72℃延伸10min。10.根据权利要求8或9所述方法，其特征在于，所述待鉴定水稻包括水稻种质资源、遗传群体或育种材料。

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