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申请/专利权人：中国农业科学院深圳农业基因组研究所;中国农业科学院农业基因组研究所
摘要：本申请涉及生物信息技术领域，具体涉及一种目的植物有害突变位点及有害突变总值的鉴定方法和应用。该方法包括：鉴定得到目的植物基因组中的进化保守位点及其保守程度值；以目的植物为材料，鉴定得到目的植物的SNP突变位点；根据进化保守位点和SNP突变位点信息，鉴定得到目的植物的有害突变位点及其有害突变效应程度值；计算目的植物的有害突变总值。本发明方法可全面鉴定全基因组有害突变及其效应大小，并准确估算其传给后代的有害突变总值，从而指导自交系构建起始材料的选择及自交系的构建。根据有害突变信息，进一步开发新的全基因组预测模型预测其表型指导植物的选育，缩短植物育种周期。
主权项：1.一种目的植物有害突变位点及有害突变总值的鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤11将目的植物内类群物种和外类群物种的基因组，与目的植物参考基因组进行全基因组比对；根据内类群及外类群的物种进化树和全基因组比对结果，鉴定得到目的植物基因组中的进化保守位点及其保守程度值；步骤12以目的植物为材料，鉴定得到目的植物的SNP突变位点；步骤13根据进化保守位点及其保守程度值和SNP突变位点信息，鉴定得到目的植物的有害突变位点及其有害突变效应程度值；所述有害突变位点包括纯合有害突变位点和或杂合有害突变位点；步骤14根据目的植物的基因型、有害突变位点、其有害突变效应程度值，通过公式1、公式2计算目的植物的有害突变总值；所述有害突变总值包括纯合有害突变总值和或杂合有害突变总值； 其中，bhom表示纯合有害突变总值，i表示纯合有害突变位点，Lhom表示纯合有害突变位点数目；Effect代表有害突变位点的效应大小，即该位点进化保守程度值；bhet表示杂合有害突变总值，j表示杂合有害突变位点，Lhet表示杂合有害突变位点数目。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 中国农业科学院深圳农业基因组研究所 中国农业科学院农业基因组研究所 一种目的植物有害突变位点及有害突变总值的鉴定方法和应用
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