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一种推断位点起源时间的方法、装置和存储介质 

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申请/专利权人:浙江大学

摘要:本发明提供了一种推断位点起源时间的方法、装置和存储介质,其中该方法,包括:筛选出预设若干个与目标物种具有直系同源联系的物种作为参考物种;根据物种分类学将参考物种按照进化时间轴进行排序得到目标物种的进化谱系;在物种的蛋白质组数据库中筛选出具有显著同源性的蛋白质序列;对蛋白质序列进行多序列比对,得到蛋白质序列对齐结果;使用递归方法分析蛋白质序列对齐结果中目标物种的各个氨基酸残基位点的进化起源。本发明在系统发育地层的进化时间轴尺度评估蛋白质序列中氨基酸残基位点的演化过程和保守性特征,有助于更全面、深入地理解位点体细胞突变的分子进化过程和功能意义,从而在进化角度理解癌症,为癌症研究和精准医疗做出贡献。

主权项:1.一种推断位点起源时间的方法,其特征在于,包括:将待研究的目标基因所属的物种作为目标物种,并将源自同一祖先的其他物种中的相应基因视为直系同源基因,同时筛选出预设若干个与目标物种具有直系同源联系的物种作为参考物种;根据物种分类学,追溯目标物种在地球生命演化历程中的关键事件,并依照所述关键事件,将参考物种和目标物种按照进化时间轴进行排序得到目标物种的进化谱系;获取目标物种和参考物种的蛋白质序列信息,创建蛋白质组数据库;在蛋白质组数据库中进行同源性搜索筛选出具有显著同源性的蛋白质序列;对蛋白质序列进行多序列比对,对齐序列,得到蛋白质序列对齐结果;使用递归方法分析蛋白质序列对齐结果中目标物种的各个氨基酸残基位点的进化起源。

全文数据:

权利要求:

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