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申请/专利权人：国立大学法人九州大学;国立大学法人广岛大学

摘要：本发明提供利用PPR基序的DNA结合性蛋白质及其应用。该蛋白质含有多个、优选2～30个、更优选5～25个、最优选9～15个的具有下述式1结构的PPR基序式1中：螺旋A为能够形成α螺旋结构的部分；X不存在或者为由长度1～9个的氨基酸构成的部分；螺旋B为能够形成α螺旋结构的部分；并且L为由长度2～7个的氨基酸构成的部分，该PPR基序具有式1中的螺旋A的第1氨基酸、第4氨基酸、以及L中含有的第“ii”‑2氨基酸这3处氨基酸作为与DNA碱基或对象碱基序列对应的特定的氨基酸的组合。螺旋A‑X‑螺旋B‑L式1。

主权项：1.一种制造蛋白质的方法，其包括设计下述与DNA碱基或具有特定碱基序列的DNA结合的蛋白质的步骤：使所述蛋白质含有1个以上的具有下述式1的结构的PPR基序，螺旋A-X-螺旋B-L式1式1中：螺旋A为能够形成α螺旋结构的部分；X不存在或者为由长度1个～9个的氨基酸构成的部分；螺旋B为能够形成α螺旋结构的部分；并且L为由长度2个～7个的氨基酸构成的部分；蛋白质中含有的一个PPR基序Mn为下述的PPR基序：在将螺旋A的起始氨基酸作为第1氨基酸、将第4位的氨基酸作为第4氨基酸、并且将下述氨基酸作为第“ii”-2氨基酸时，所述第“ii”-2氨基酸为：·在PPR基序Mn的C末端侧连续存在下一个PPR基序Mn+1时在PPR基序间无氨基酸插入时，从构成PPR基序Mn的氨基酸的最后位C末端侧起的第-2位氨基酸；·在PPR基序Mn与其C末端侧的下一个PPR基序Mn+1之间发现1～20个氨基酸的非PPR基序时，从下一个PPR基序Mn+1的第1氨基酸起向上游侧数2位、即第-2位氨基酸；或者·在PPR基序Mn的C末端侧未发现下一个PPR基序Mn+1时、或者在与C末端侧的下一个PPR基序Mn+1之间发现21个氨基酸以上的构成非PPR基序的氨基酸的情况下，从构成PPR基序Mn的氨基酸的最后位C末端侧起的第2位氨基酸，使第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸的组合与下述中的任一者相对应，2-1第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甘氨酸、天冬氨酸时，该PPR基序与G选择性地结合；2-2第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为谷氨酸、甘氨酸、天冬氨酸时，该PPR基序与G选择性地结合；2-3第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甘氨酸、天冬酰胺时，该PPR基序与A选择性地结合；2-4第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为谷氨酸、甘氨酸、天冬酰胺时，该PPR基序与A选择性地结合；2-5第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甘氨酸、丝氨酸时，该PPR基序与A选择性地结合，其次与C结合；2-6第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、异亮氨酸、任意的氨基酸时，该PPR基序与T和C选择性地结合；2-7第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、异亮氨酸、天冬酰胺时，该PPR基序与T选择性地结合，其次与C结合；2-8第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、亮氨酸、任意的氨基酸时，该PPR基序与T和C选择性地结合；2-9第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、亮氨酸、天冬氨酸时，该PPR基序与C选择性地结合；2-10第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、亮氨酸、赖氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合；2-11第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甲硫氨酸、任意的氨基酸时，该PPR基序与T选择性地结合；2-12第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、甲硫氨酸、天冬氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合；2-13第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、甲硫氨酸、天冬氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合，其次与C结合；2-14第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、任意的氨基酸时，该PPR基序与C和T选择性地结合；2-15第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、天冬氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合；2-16第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为苯丙氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合；2-17第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为甘氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合；2-18第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合；2-19第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为苏氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合；2-20第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合，其次与C结合；2-21第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为酪氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合，其次与C结合；2-22第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、天冬酰胺时，该PPR基序与C选择性地结合；2-23第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、天冬酰胺、天冬酰胺时，该PPR基序与C选择性地结合；2-24第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为丝氨酸、天冬酰胺、天冬酰胺时，该PPR基序与C选择性地结合；2-25第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、天冬酰胺、天冬酰胺时，该PPR基序与C选择性地结合；2-26第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、丝氨酸时，该PPR基序与C选择性地结合；2-27第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、天冬酰胺、丝氨酸时，该PPR基序与C选择性地结合；2-28第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、苏氨酸时，该PPR基序与C选择性地结合；2-29第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、天冬酰胺、苏氨酸时，该PPR基序与C选择性地结合；2-30第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、天冬酰胺、色氨酸时，该PPR基序与C选择性地结合，其次与T结合；2-31第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、天冬酰胺、色氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合，其次与C结合；2-32第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、脯氨酸、任意的氨基酸时，该PPR基序与T选择性地结合；2-33第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、脯氨酸、天冬氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合；2-34第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为苯丙氨酸、脯氨酸、天冬氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合；2-35第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为酪氨酸、脯氨酸、天冬氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合；2-36第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、丝氨酸、任意的氨基酸时，该PPR基序与A和G选择性地结合；2-37第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、丝氨酸、天冬酰胺时，该PPR基序与A选择性地结合；2-38第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为苯丙氨酸、丝氨酸、天冬酰胺时，该PPR基序与A选择性地结合；2-39第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、丝氨酸、天冬酰胺时，该PPR基序与A选择性地结合；2-40第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、苏氨酸、任意的氨基酸时，该PPR基序与A和G选择性地结合；2-41第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、苏氨酸、天冬氨酸时，该PPR基序与G选择性地结合；2-42第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、苏氨酸、天冬氨酸时，该PPR基序与G选择性地结合；2-43第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、苏氨酸、天冬酰胺时，该PPR基序与A选择性地结合；2-44第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为苯丙氨酸、苏氨酸、天冬酰胺时，该PPR基序与A选择性地结合；2-45第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、苏氨酸、天冬酰胺时，该PPR基序与A选择性地结合；2-46第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为缬氨酸、苏氨酸、天冬酰胺时，该PPR基序与A选择性地结合；2-47第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、缬氨酸、任意的氨基酸时，该PPR基序与A、C和T结合，但不与G结合；2-48第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为异亮氨酸、缬氨酸、天冬氨酸时，该PPR基序与C选择性地结合，其次与A结合；2-49第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、缬氨酸、甘氨酸时，该PPR基序与C选择性地结合；2-50第1氨基酸、第4氨基酸和第“ii”-2氨基酸这3个氨基酸依次为任意的氨基酸、缬氨酸、苏氨酸时，该PPR基序与T选择性地结合。

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