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一种基于蛋白质大语言模型的用于多肽设计的系统 

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申请/专利权人:华院计算技术(上海)股份有限公司

摘要:本发明公开了一种基于蛋白质大语言模型的用于多肽设计的系统,其特征在于,所述系统包括以下模块:模型微调模块、多肽设计模块、3D结构建模模块、分子对接评估模块和结果筛选模块。本发明有选择性的、有针对性的针对具体野生型配体进行再改造,并将微调后的蛋白质大语言模型与分子对接评估技术相结合,能够快速有效、低成本、简单方便地进行多肽序列的设计,加速实验合成多肽的过程。

主权项:1.一种基于蛋白质大语言模型的用于多肽设计的系统,其特征在于,所述系统包括以下模块:1模型微调模块:该模块用于使用目标领域蛋白质的野生型多肽对蛋白质大语言模型进行微调;2多肽设计模块:该模块中,依次改变野生型多肽各个位点上的氨基酸残基,并利用微调后的蛋白质大语言模型得出各个位点上野生型氨基酸残基自身及其他19种氨基酸残基的概率得分,筛选出具有一个概率得分≥0的氨基酸残基的备选单位点突变序列;其中,所述野生型氨基酸残基的概率得分为0;33D结构建模模块:该模块用于将多肽设计模块2得到的备选单位点突变序列进行3D结构建模,选择得分最高的结构文件为最终的3D结构文件;4分子对接评估模块:该模块中,在分子对接软件中输入备选单位点突变序列及该突变序列所对应野生型序列的受体的3D结构文件,进行分子对接评估,选出备选单位点突变序列中每个位点上结合能分数最低的序列;该序列的该突变位点上的氨基酸即为该位点的最优氨基酸;5结果筛选模块:该模块用于根据用户设定的突变位置个数参数及用户所需的突变多肽数量,选出结合能分数最低的该数量的多肽序列。

全文数据:

权利要求:

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