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申请/专利权人：山东大学
摘要：本发明涉及海洋碳汇技术领域，具体涉及一种用于海洋碳汇的高准确度功能基因芯片制备方法。包括如下步骤：步骤1：构建碳汇功能基因数据库。步骤2：获取海区碳汇过程关键功能基因数据集。步骤3：设计寡核苷酸探针。步骤4：设计并合成功能基因芯片。本发明通过宏基因组大数据挖掘，更加全面的涵盖海洋碳汇关键功能基因家族，以减轻因缺少相关基因参考而导致的假阴性问题。本发明区分公共同源基因，减轻因现有公共基因数据库中同源基因家族混杂而导致的假阳性问题。本发明在探索海洋碳汇过程中，基于海洋宏基因组数据集，以经济有效的方法获得准确度高、可靠性强的数据结果。
主权项：1.一种用于海洋碳汇的高准确度功能基因芯片制备方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤1：构建碳汇功能基因数据库：（1）获取参与海洋碳汇过程的微型生物关键基因家族的基础核苷酸和蛋白序列，结合高准度基因注释信息，通过序列比对将通过以序列相似性30%作为阈值的部分序列纳入种子数据库；（2）将（1）中的种子数据库与公共数据库进行融合，将种子数据库与公共同源数据库进行序列比对，使用参数为E值1e-5，全局序列相似性30%以获取属于目标功能基因的同源序列，提取比对结果符合阈值的序列，将其纳入种子数据库，对结合后的数据库去冗余，形成碳汇功能基因数据库；步骤2：获取海区碳汇过程关键功能基因数据集：对我国海区进行航次调查与现场采样，获得不同深度的海水与沉积物样品，对海水样品进行滤膜过滤，提取滤膜与沉积物样品DNA以获得微生物群落总DNA并进行宏基因组测序获得海洋宏基因组数据集，与碳汇功能基因数据库比对，获得海区碳汇过程关键功能基因数据集；步骤3：设计寡核苷酸探针：寡核苷酸探针由针对单一序列的序列特异性探针和针对多条序列的群组特异性探针合成，所述序列特异性探针和群组特异性探针通过条件筛选获取最终的探针；步骤4：合成功能基因芯片。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 山东大学 一种用于海洋碳汇的高准确度功能基因芯片制备方法
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