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申请/专利权人：南京工业大学;江苏省化工本质安全研究院
摘要：本发明提供了一种混合式筛选食管癌关键基因集及构建其预后模型的方法。具体地，从基因表达综合数据库中收集食管癌患者肿瘤样本和正常样本数据，对其进行生物信息学方法和机器学习方法筛选分析，得到和预后相关的关键基因集，通过机器学习方法构建和预后相关的预测诊断模型。步骤包括：收集食管癌肿瘤和正常样本的基因表达矩阵和临床数据文件；进行差异分析和富集分析，初步筛选关键基因；再通过支持向量机递归特征消除SVM‑RFE、最小绝对收缩和选择算子LASSO和随机森林RF三种机器学习方法进一步筛选食管癌预后相关的关键基因，对结果取交集，获得关键基因集；基于单因素Cox、LASSO回归和多因素Cox回归分析开发食管癌关键基因的预后风险模型。
主权项：1.一种混合式筛选食管癌关键基因集及构建其预后模型的方法，其特征在于，所述构建步骤包括：1使用从癌症基因组图谱数据库中收集到的食管癌患者肿瘤样本和正常样本数据做实验，获得基因表达矩阵；检索样本数据中的临床数据文件，临床数据包括年龄、性别、生存状态、生存时间、分期；2使用生物信息方法中的差异分析、富集分析和机器学习方法中的最小绝对收缩和选择算子、支持向量机递归特征消除以及随机森林算法对获取到的细胞数据中的基因进一步进行食管癌预后关键基因的筛选，降低数据的维度，整理和预后相关的基因集；3利用单因素Cox分析筛选出与食管癌预后相关的基因，为避免过拟合和多重共线性，经过机器学习方法LASSO回归进一步筛选特征基因，再通过多因素分析确定参与构建模型的关键基因，构建出了基于关键基因的食管癌预后风险评分模型。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 南京工业大学 江苏省化工本质安全研究院 混合式筛选食管癌关键基因集及构建其预后模型的方法
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