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申请/专利权人：上海市胸科医院;福建和瑞基因科技有限公司

摘要：本发明公开了一种用于预测癌症疗效和预后的方法及其装置和应用，涉及生物医学技术领域，本发明通过对样本的基因组特征进行分析和梳理，筛选出了对临床疗效和预后有显著预测作用的分子标志物，通过计算每个样本中分子标志物的状态与治疗方式的匹配度，对治疗方式的疗效和预后进行有效预测，从而使得患者能够及时地选择更有效的治疗方式，在降低治疗成本的情况下，提高了癌症治疗率，延长了患者的生存期限。

主权项：1.一种用于预测癌症疗效和预后的装置，其特征在于，其包括：获取模块，用于获取待测样本分子标志物的检测数据；所述分子标志物包括第一标志物和第二标志物；所述第一标志物包括肿瘤突变负荷、HLA基因型和PD-L1蛋白表达；所述第二标志物的获取方式为：针对不同的治疗方式，根据客观缓解率和无进展生存期，对基因组特征进行筛选，将与治疗方式的疗效和预后显著相关的基因组特征标记为第二标志物；所述基因组特征包括：体细胞突变、拷贝数变异、肿瘤新抗原负荷、杂合性缺失、瘤内异质性和基因组不稳定性中的至少一种；计算模块，用于通过待测样本分子标志物的检测数据，计算T-index，T-index=分子标志物状态为对疗效和预后有益的分子标志物的数量分子标志物的总数；所述肿瘤突变负荷的计算公式选自TMBa、TMBb、TMBc和TMBd中的任意一种：TMBa=错义突变的数目测序范围的长度；TMBb=（错义突变的数目+同义突变的数目）测序范围长度；TMBc=（错义突变的数目-同义突变的数目）测序范围长度；TMBd=（错义突变的数目+同义突变的数目-热点突变的数目）测序范围长度；所述肿瘤新抗原负荷=肿瘤新抗原数目测序范围长度；所述杂合性缺失的检测指标包括：发生LOH的区域占整个基因组的比例；和或，发生在LOH区域的基因突变的数目；所述瘤内异质性的检测指标包括（a）~（d）中的至少一种：（a）等位基因突变的肿瘤异质性MATH；（b）晚期突变比例pLM；（c）克隆的数目；所述克隆为：对每个样本中的突变进行聚类，每一类归为一种克隆；（d）样本中的香农-维纳多样性指数（Shannon'sDiversityIndex,SI），SI=∑PilnPi，Pi为每种克隆的CCF；所述基因组不稳定性的检测指标包括：肿瘤细胞中包含的染色体组数和或全基因组加倍。

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