买专利卖专利找龙图腾，真高效！ 查专利查商标用IPTOP,全免费！专利年费监控用IP管家,真方便！

申请/专利权人：臻和(北京)生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司;无锡臻和生物科技有限公司

摘要：本发明涉及基于全基因组甲基化数据的肿瘤微环境评价方法和系统，包括，获取免疫细胞的全基因组甲基化测序数据，计算免疫细胞特征区域的区域甲基化比率；对所述区域甲基化比率进行富集分析，获取免疫细胞的富集分数，基于所述富集分数评估免疫细胞浸润状态。本发明的方案可应用于≤10X低深度全基因组甲基化数据，填补了基于低深度的全基因组甲基化技术平台评估肿瘤免疫微环境的空白。

主权项：1.基于全基因组甲基化数据的肿瘤微环境评价方法，其特征在于，包括：获取免疫细胞的全基因组甲基化测序数据，计算免疫细胞特征区域的区域甲基化比率；对所述区域甲基化比率进行富集分析，获取免疫细胞的富集分数，基于所述富集分数评估免疫细胞浸润状态；其中，所述特征区域的筛选方式为：获取肺癌病例的转录组测序数据和配对的甲基化芯片数据，用于CpG位点筛选，包括：计算免疫细胞中特征基因上下游1M区域内覆盖的CpG位点的甲基化β值，分析CpG位点的甲基化β值与对应特征基因表达量的相关性，以Pearson’sR−0.3或者0.3为标准筛选表达量关联CpG位点；对筛选得到的表达量关联CpG位点进行富集分析，将富集分析结果与配对的转录组数据的富集分析结果进行相关性分析，对每个特征基因保留最相关的表达量关联CpG位点，用于特征区域筛选；获取肺癌病例的转录组测序数据和配对的深度≤10X的低深度全基因组甲基化测序数据，用于特征区域筛选，包括：选取免疫细胞的特征基因覆盖的表达量关联CpG位点，对表达量关联CpG位点上下游延伸不同长度，形成多个候选区域，对不同大小候选区域计算区域甲基化比率并进行富集分析，选取区域甲基化比率富集分析结果与配对的转录组数据的富集分析结果pearsonp＜0.05的候选区域，作为免疫细胞的特征区域；其中，所述富集分析采用ssGSEA方法，表达量关联CpG位点上下游延伸长度为100~500bp。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 臻和(北京)生物科技有限公司 臻和精准医学检验实验室无锡有限公司 无锡臻和生物科技有限公司 基于全基因组甲基化数据的肿瘤微环境评价方法和系统