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摘要：本发明公开了一种植物线粒体基因组编码环状RNA的识别算法。本发明所建立的MeCi识别方法根据植物线粒体基因组的特点设计，使用blast工具将RNA‑seq数据比对到参考基因组，得到比对结果文件；将比对结果文件中的数据进行序列特征筛选获得候选circRNA；对候选circRNA进行条件筛选获得植物线粒体基因组编码环状RNA。通过使用MeCi对玉米和拟南芥的转录组数据分析可以获得现有技术检测不到的新预测线粒体基因组编码circRNA。实验证据表明，新预测的线粒体基因组编码circRNA具有较高的可信度，MeCi优于现有方法，可以有效识别植物线粒体基因组编码circRNA。

主权项：1.识别植物线粒体基因组编码环状RNA的方法，其特征在于：所述方法包括如下步骤：使用blast工具将转录组测序数据比对到参考基因组，得到比对结果文件；将所述比对结果文件中的数据进行序列特征筛选获得候选circRNA文件；对所述候选circRNA文件进行条件筛选获得植物线粒体基因组编码环状RNA；所述序列特征筛选为去除所述比对结果文件中的只有一个序列片段比对到所述参考基因组上的读长，保留有且只有两个序列片段能方向相反比对到所述参考基因组的读长；所述序列特征筛选包括如下步骤：A1去除所述比对结果文件中的只有一个序列片段比对到所述参考基因组上的读长，保留两个以上序列片段能够方向相反比对到参考基因组的读长的比对结果文件；A2提取所述比对结果文件中所述两个以上序列片段的位置信息数据和所述序列片段对应于参考基因组上的正负链信息数据；A3对所述正负链信息数据进行处理，保留有且仅有两个序列片段方向相反的比对到参考基因组的读长，对所述序列片段按照所述位置信息进行排序整合，得到候选circRNA；所述blast工具的“E”参数设置范围为10-5～5；所述筛选条件如下：B1环化位点的重叠核苷酸与空缺核苷酸的核苷酸个数应小于等于3；B2候选circRNA长度小于等于10000个核苷酸，并且大于等于对应读长的长度；所述环化位点为两段方向相反比对到参考基因组上的序列片段在读长上的衔接点；所述重叠核苷酸为两个序列片段方向相反比对到参考基因组上的位置有重叠核苷酸；所述空缺核苷酸为两个方向相反比对到参考基因组上的序列片段衔接处存在的不能比对到参考基因组上的核苷酸。

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百度查询： 华南农业大学 一种植物线粒体基因组编码环状RNA的识别算法